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- PDB-8ox2: BRICHOS trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ox2
タイトルBRICHOS trimer
要素Pulmonary surfactant-associated protein C
キーワードCHAPERONE / PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory gaseous exchange by respiratory system / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pulmonary surfactant-associated protein C / Pulmonary surfactant proteins / Surfactant protein C, N-terminal propeptide / Surfactant protein C, N terminal propeptide / BRICHOS / BRICHOS domain / BRICHOS domain / BRICHOS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Surfactant protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ghosh, D. / Torres, F. / Guentert, P. / Riek, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The inhibitory action of the chaperone BRICHOS against the alpha-Synuclein secondary nucleation pathway.
著者: Ghosh, D. / Torres, F. / Schneider, M.M. / Ashkinadze, D. / Kadavath, H. / Fleischmann, Y. / Mergenthal, S. / Guntert, P. / Krainer, G. / Andrzejewska, E.A. / Lin, L. / Wei, J. / Klotzsch, E. ...著者: Ghosh, D. / Torres, F. / Schneider, M.M. / Ashkinadze, D. / Kadavath, H. / Fleischmann, Y. / Mergenthal, S. / Guntert, P. / Krainer, G. / Andrzejewska, E.A. / Lin, L. / Wei, J. / Klotzsch, E. / Knowles, T. / Riek, R.
履歴
登録2023年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.22024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pulmonary surfactant-associated protein C
B: Pulmonary surfactant-associated protein C
C: Pulmonary surfactant-associated protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0233
ポリマ－36,0233
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3000 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Pulmonary surfactant-associated protein C


分子量: 12007.753 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFTPC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5RI64
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: isotropic / タイプ: NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] BRICHOS monomer, 25 mM potassium phosphate, 25 mM NaCl, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBRICHOS monomer[U-13C; U-15N]1
25 mMpotassium phosphatenone1
25 mMNaClnone1
0.01 %sodium azidenone1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: 1 / pH: 6.8 Not defined / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software名称: CYANA / バージョン: 3.98.15 / 開発者: P. Guentert / 分類: structure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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