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- PDB-8owi: Crystal structure of the corona-targeting domain of CENP-E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8owi
タイトルCrystal structure of the corona-targeting domain of CENP-E
要素Centromere-associated protein E
キーワードCELL CYCLE / Kinesin motor / kinetochores / microtubules / mitosis
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration / mitotic chromosome movement towards spindle pole / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone / kinetochore binding / kinetochore microtubule / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region ...lateral attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration / mitotic chromosome movement towards spindle pole / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone / kinetochore binding / kinetochore microtubule / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / Kinesins / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic metaphase chromosome alignment / chromosome, centromeric region / positive regulation of protein kinase activity / spindle midzone / intercellular bridge / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / chromosome / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / microtubule / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere-associated protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Legal, T. / Davies, O.R. / Welburn, J.P.I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust219413/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust207430 英国
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2024
タイトル: A conserved CENP-E region mediates BubR1-independent recruitment to the outer corona at mitotic onset.
著者: Weber, J. / Legal, T. / Lezcano, A.P. / Gluszek-Kustusz, A. / Paterson, C. / Eibes, S. / Barisic, M. / Davies, O.R. / Welburn, J.P.I.
履歴
登録2023年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.22024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromere-associated protein E
B: Centromere-associated protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7782
ポリマ－34,7782
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.018, 84.018, 65.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2624-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Centromere-associated protein E / Centromere protein E / CENP-E / Kinesin-7 / Kinesin-related protein CENPE


分子量: 17388.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02224
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Potassium citrate tribasic monohydrate pH 8.3, 20% w/v polyethene glycol 3,350, with 30% glycerol (cryoprotectant).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→51.42 Å / Num. obs: 9178 / % possible obs: 68.8 % / 冗長度: 24.8 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.14→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 82 / CC1/2: 0.565 / Rpim(I) all: 0.563 / % possible all: 15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
PHENIX1.19.2_4158精密化
STARANISOデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→51.42 Å / SU ML: 0.2013 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.4503
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 457 4.98 %
Rwork0.2161 8717 -
obs0.2176 9174 68.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→51.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数919 0 0 52 971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57381216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0323139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7008394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.450.2377460.2832894X-RAY DIFFRACTION21.7
2.45-3.090.26651780.25723460X-RAY DIFFRACTION82.76
3.09-51.420.23812330.19814363X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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