PDB-8ow8: Crystal Structure of the Catalytic Domain of a Botulinum Neurotox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ow8

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of a Botulinum Neurotoxin Homologue from Enterococcus faecium

要素

Botulinum-like toxin eBoNT/J light chain

キーワード

TOXIN / Botulinum neurotoxin / homologue / enterococcus faecium

機能・相同性

機能・相同性情報

bontoxilysin / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gregory, K.S. / Acharya, K.R. / Liu, S.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of a Botulinum Neurotoxin Homologue from Enterococcus faecium : Potential Insights into Substrate Recognition.
著者: Gregory, K.S. / Hall, P.R. / Onuh, J.P. / Mojanaga, O.O. / Liu, S.M. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2023年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ow8.cif.gz	426.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ow8.ent.gz	269.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ow8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8ow8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8ow8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Botulinum-like toxin eBoNT/J light chain

ヘテロ分子

51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.894, 143.894, 51.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Botulinum-like toxin eBoNT/J light chain / LC 分子量: 50743.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus (バクテリア) / 遺伝子: A5816_002916 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A242DI27, bontoxilysin

-
非ポリマー , 5種, 161分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M SPG (succinic acid, sodium phosphate monobasic monohydrate, and glycine) buffer pH 7.0, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→143.89 Å / Num. obs: 37319 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 26.6 % / R_merge(I) obs: 3.807 / Num. unique obs: 2683 / CC_1/2: 0.626 / R_pim(I) all: 1.06 / R_rim(I) all: 3.952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→64.434 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / WR_factor R_free: 0.21 / WR_factor R_work: 0.177 / SU B: 10.517 / SU ML: 0.139 / Average fsc free: 0.951 / Average fsc work: 0.9613 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2237	1882	5.051 %	RANDOM
R_work	0.1883	35375	-	-
all	0.19	-	-	-
obs	-	37257	99.944 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.903 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.266 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.266 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.532 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→64.434 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3218	0	25	156	3399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.91	1.659	4489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.606	1.578	7285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.449	5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.224	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.226	10	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.232	10	156
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	3022
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.208	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.093	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.912	3.808	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.912	3.808	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.27	6.822	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.269	6.825	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.904	4.176	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.903	4.178	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.671	7.483	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.67	7.484	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.207	36.453	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.207	36.458	3721

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.349	141	0.338	2534	0.339	2681	0.9	0.895	99.7762	0.339
2.052-2.108	0.307	114	0.314	2520	0.313	2635	0.906	0.911	99.9621	0.311
2.108-2.169	0.275	142	0.282	2421	0.282	2563	0.944	0.935	100	0.277
2.169-2.236	0.254	119	0.24	2404	0.241	2523	0.952	0.956	100	0.23
2.236-2.309	0.27	129	0.228	2276	0.231	2406	0.955	0.963	99.9584	0.216
2.309-2.39	0.304	113	0.219	2238	0.223	2352	0.949	0.968	99.9575	0.205
2.39-2.48	0.279	105	0.22	2175	0.223	2281	0.954	0.972	99.9562	0.201
2.48-2.581	0.308	112	0.219	2076	0.223	2189	0.943	0.972	99.9543	0.199
2.581-2.696	0.326	97	0.216	1987	0.221	2084	0.942	0.973	100	0.197
2.696-2.827	0.249	83	0.205	1950	0.207	2034	0.963	0.977	99.9508	0.186
2.827-2.98	0.266	95	0.213	1812	0.216	1907	0.947	0.973	100	0.197
2.98-3.16	0.28	104	0.213	1731	0.217	1835	0.952	0.972	100	0.2
3.16-3.377	0.255	92	0.223	1617	0.225	1709	0.966	0.974	100	0.214
3.377-3.647	0.231	92	0.201	1532	0.203	1624	0.969	0.982	100	0.196
3.647-3.994	0.19	85	0.178	1411	0.179	1496	0.977	0.986	100	0.174
3.994-4.463	0.177	72	0.134	1277	0.136	1349	0.983	0.99	100	0.132
4.463-5.15	0.157	57	0.113	1160	0.115	1217	0.99	0.993	100	0.113
5.15-6.297	0.168	39	0.152	997	0.153	1036	0.984	0.988	100	0.152
6.297-8.863	0.186	58	0.149	783	0.151	841	0.981	0.988	100	0.15
8.863-64.434	0.188	33	0.211	474	0.21	509	0.98	0.962	99.6071	0.215

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 43.8046 Å / Origin y: -16.8654 Å / Origin z: 18.0325 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.118 Å²	-0.0687 Å²	0.0178 Å²	-	0.1724 Å²	0.0013 Å²	-	-	0.0176 Å²
L	1.4734 °²	-0.3734 °²	-0.357 °²	-	1.3435 °²	0.1597 °²	-	-	1.5572 °²
S	-0.0343 Å °	-0.13 Å °	-0.0447 Å °	0.0554 Å °	0.0282 Å °	-0.0825 Å °	0.1118 Å °	0.3045 Å °	0.0061 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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