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- PDB-8ow6: PERIDININ-CHLOROPHYLL-PROTEIN OF HETEROCAPSA PYGMAEA, 100K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ow6
タイトルPERIDININ-CHLOROPHYLL-PROTEIN OF HETEROCAPSA PYGMAEA, 100K
要素(Peridinin-chl a ...) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Light Harvesting / Carotenoid / Chlorophyll / Lipid / Dinoflagellates
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / chlorophyll binding
類似検索 - 分子機能
Peridinin-chlorophyll A binding protein / Peridinin-chlorophyll A binding superfamily / Peridinin-chlorophyll A binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL A / : / PERIDININ / PHOSPHATE ION / : / Peridinin-chl a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Heterocapsa pygmaea (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Hofmann, E. / Schulte, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB480 ドイツ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2024
タイトル: Structural and spectroscopic characterization of the peridinin-chlorophyll a-protein (PCP) complex from Heterocapsa pygmaea (HPPCP).
著者: Schulte, T. / Magdaong, N.C.M. / Di Valentin, M. / Agostini, A. / Tait, C.E. / Niedzwiedzki, D.M. / Carbonera, D. / Hofmann, E.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年10月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peridinin-chl a protein
B: Peridinin-chl a protein
C: Peridinin-chl a protein
D: Peridinin-chl a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,36632
ポリマ－62,7574
非ポリマー17,60828
水14,754819
1
A: Peridinin-chl a protein
B: Peridinin-chl a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,28718
ポリマ－31,3792
非ポリマー8,90816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Peridinin-chl a protein
D: Peridinin-chl a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,07814
ポリマ－31,3792
非ポリマー8,70012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.610, 90.610, 155.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number149
Space group name H-MP312
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: -y,-x,-z
#5: -x+y,y,-z
#6: x,x-y,-z

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要素

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Peridinin-chl a ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Peridinin-chl a protein


分子量: 15707.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Heterocapsa pygmaea (真核生物) / 株: UCSB-5M29 / 参照: UniProt: Q9FEY4
#2: タンパク質 Peridinin-chl a protein


分子量: 15670.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Heterocapsa pygmaea (真核生物) / 株: UCSB-5M29

-
非ポリマー , 7種, 847分子

#3: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PID / PERIDININ


分子量: 630.810 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H50O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-W4O / [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-[(6~{Z},9~{Z},12~{Z},15~{Z})-octadeca-6,9,12,15-tetraenoyl]oxy-propyl] (6~{Z},9~{Z},12~{Z},15~{Z})-octadeca-6,9,12,15-tetraenoate


分子量: 933.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H80O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.82 M NaH2PO4 1.24 M K2HPO4 100 mM Na-acetate at pH 5.5 100 mM LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→43.5 Å / Num. obs: 227100 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 8.11
反射 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 16634 / CC1/2: 0.386 / Rrim(I) all: 0.942

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210323データ削減
XSCALEVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210323データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→43.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 27.0822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1705 2143 0.94 %
Rwork0.1489 224957 -
obs0.1626 227100 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→43.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4398 0 1268 819 6485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01415957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0278227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01251034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.0551114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.230.24571380.247314855X-RAY DIFFRACTION98.59
1.23-1.260.26741430.23714907X-RAY DIFFRACTION98.82
1.26-1.290.25811390.221614936X-RAY DIFFRACTION98.95
1.29-1.330.22421430.215314929X-RAY DIFFRACTION98.93
1.33-1.370.21161430.208214970X-RAY DIFFRACTION99.01
1.37-1.420.19451430.195614864X-RAY DIFFRACTION99.01
1.42-1.480.21061410.189714988X-RAY DIFFRACTION99.05
1.48-1.550.20641440.181214940X-RAY DIFFRACTION99.01
1.55-1.630.22231380.177514989X-RAY DIFFRACTION99.05
1.63-1.730.20581450.172315030X-RAY DIFFRACTION99.02
1.73-1.860.18961380.171614982X-RAY DIFFRACTION99.09
1.86-2.050.18081480.168115058X-RAY DIFFRACTION98.99
2.05-2.350.16791450.151715054X-RAY DIFFRACTION98.96
2.35-2.960.16441430.13915101X-RAY DIFFRACTION98.92
2.96-43.50.15631480.127715358X-RAY DIFFRACTION98.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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