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- PDB-8ow4: 2.75 angstrom crystal structure of human NFAT1 with bound DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ow4
タイトル2.75 angstrom crystal structure of human NFAT1 with bound DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*G)-3')
  • Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2NFAT
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Transcription factor (転写因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / transcription factor AP-1 complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / myotube cell development / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / calcineurin-NFAT signaling cascade / cartilage development / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / positive regulation of myoblast fusion / Calcineurin activates NFAT ...: / transcription factor AP-1 complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / myotube cell development / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / calcineurin-NFAT signaling cascade / cartilage development / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / positive regulation of myoblast fusion / Calcineurin activates NFAT / phosphatase binding / positive regulation of B cell proliferation / cellular response to calcium ion / FCERI mediated Ca+2 mobilization / 14-3-3 protein binding / B cell receptor signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / 遊走 / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA damage response / chromatin binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding ...Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Lopez-Sagaseta, J. / Erausquin, E. / Hernandez-Morales, S. / Urdiciain, A. / Lasarte, J.J. / Lozano, T.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-108989RB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRYC-2017-21683 スペイン
引用ジャーナル: Not published
タイトル: 2.75 angstrom crystal structure of human NFAT1 with bound DNA
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Erausquin, E. / Hernandez-Morales, S. / Urdiciain, A. / Lasarte, J.J. / Lozano, T.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
W: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
B: Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0936
ポリマ－86,0936
非ポリマー00
水1629
1
A: Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
G: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0473
ポリマ－43,0473
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
2
W: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
B: Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0473
ポリマ－43,0473
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.497, 94.426, 129.449
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.568, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A
32A
42A
53A
63A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROPROPROAA395 - 67015 - 290
211PROPROHISHISBF395 - 64915 - 269
322DTDTDGDGWB4001 - 40151 - 15
422DTDTDGDGGD4001 - 40151 - 15
533DADADCDCCC5001 - 50151 - 15
633DADADCDCHE5001 - 50151 - 15

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6

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要素

#1: タンパク質 Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2 / NFAT / NF-ATc2 / NFATc2 / NFAT pre-existing subunit / NF-ATp / T-cell transcription factor NFAT1


分子量: 33870.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFATC2, NFAT1, NFATP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13469
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*G)-3')


分子量: 4657.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4518.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 8% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979181 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月4日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979181 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→82.242 Å / Num. obs: 30970 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.88 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4185 / CC1/2: 0.863 / Rpim(I) all: 0.427 / Rrim(I) all: 0.665 / Χ2: 0.99 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0349精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→82.242 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.283 / WRfactor Rwork: 0.226 / SU B: 32.272 / SU ML: 0.284 / Average fsc free: 0.9398 / Average fsc work: 0.9613 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.488 / ESU R Free: 0.327 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2728 1717 5.545 %RANDOM
Rwork0.2159 29249 --
all0.219 ---
obs-30966 97.228 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 84.321 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.826 Å20 Å26.151 Å2
2---3.875 Å20 Å2
3----1.705 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→82.242 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4027 1218 0 9 5254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0115478
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0164369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8351.6917680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4981.54610220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0335511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.1821031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.05310663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.29110184
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0090.22
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02973
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2130.24115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.22397
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.22652
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.040.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2440.247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.4370.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2360.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4996.0922074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4976.0922074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.1299.0982575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.1289.0982576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9336.1233404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9326.1233405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.3779.15105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.3769.15106
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.83275.7486014
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.83275.7496015
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1090.055851
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0810.051355
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0660.051255
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.10890.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.10890.05009
23AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.080860.05009
24AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.080860.05009
35AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.065670.0501
36AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.065670.0501
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.75-2.8210.3991510.39621660.39623220.8830.90499.78470.377
2.821-2.8990.3911370.34621580.34922970.9010.92799.91290.327
2.899-2.9830.3591280.29420760.29822070.9290.94899.86410.271
2.983-3.0740.3471170.26820490.27221680.9290.95499.90780.248
3.074-3.1750.305980.22719730.23120730.9430.96899.90350.215
3.175-3.2860.311090.21518990.21920160.9410.97199.60320.21
3.286-3.410.336860.22518670.2319590.9340.96999.69370.224
3.41-3.5490.238930.22417800.22518760.9660.97299.84010.223
3.549-3.7060.305930.22913350.23318300.9410.97178.03280.23
3.706-3.8870.2851160.21714570.22217190.9480.97391.50670.218
3.887-4.0970.258800.19412930.19716460.960.97883.41430.202
4.097-4.3450.245840.17814580.18215460.9650.98199.74130.187
4.345-4.6440.214850.17213880.17414770.9680.98299.72920.189
4.644-5.0140.2281080.16612490.17113590.9630.98399.85280.187
5.014-5.4910.261700.18911980.19312710.9580.97899.7640.211
5.491-6.1360.275640.20210770.20611420.9580.97699.91240.225
6.136-7.0780.276490.1989580.20210090.950.97599.80180.229
7.078-8.6530.22370.1998530.28610.9650.97599.88390.239
8.653-12.170.225390.1936300.1956730.9710.97699.40560.235
12.17-82.2420.39530.3363840.3373970.9760.89397.48110.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2529-0.69760.82340.4047-0.54971.69580.01430.45350.06470.0309-0.2534-0.0142-0.01730.31530.2390.33790.00230.06710.47850.08540.2314-10.049230.176713.8672
21.6161-0.50950.88995.8601-0.43410.5060.0450.2668-0.1178-0.11570.02150.11410.00890.1916-0.06650.242-0.00560.10410.26170.04790.287622.723223.452134.8849
31.22062.20820.39394.7292-0.06421.124-0.183-0.0007-0.1007-0.304-0.0482-0.4917-0.1261-0.16030.23120.19560.02520.04480.25740.0760.345525.881629.998835.4007
40.9668-0.68580.71450.643-0.68141.7712-0.0011-0.0029-0.11070.24350.08390.069-0.0301-0.5827-0.08280.48830.01480.09720.27120.00530.2418-27.606630.383628.3039
50.6274-1.0618-0.58481.97321.37641.4117-0.1646-0.02170.02140.21410.03740.0518-0.04920.01130.12710.27180.02090.07320.31930.02370.2926-30.711736.797729.3034
60.0894-0.01420.21290.0068-0.04670.6651-0.04920.0198-0.01930.0328-0.01520.0048-0.06450.04990.06440.4355-0.066-0.00750.2822-0.00720.27345.794723.62353.235
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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