PDB-8ovy: Structure of analogue of superfolded GFP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ovy

タイトル

Structure of analogue of superfolded GFP

要素

Green fluorescent protein

キーワード

TRANSLATION

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.537 Å

データ登録者

Dunkelmann, D. / Fiedler, M. / Bellini, D. / Alvira, C.P. / Chin, J.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Adding alpha , alpha-disubstituted and beta-linked monomers to the genetic code of an organism.
著者: Dunkelmann, D.L. / Piedrafita, C. / Dickson, A. / Liu, K.C. / Elliott, T.S. / Fiedler, M. / Bellini, D. / Zhou, A. / Cervettini, D. / Chin, J.W.

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_ref.pdbx_align_begin

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ovy.cif.gz	113.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ovy.ent.gz	81.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ovy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

B: Green fluorescent protein

56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Green fluorescent protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Green fluorescent protein

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.516, 37.721, 91.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.376, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-403- HOH
2	1	A-483- HOH
3	1	B-303- HOH
4	1	B-373- HOH

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 27983.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG 3350/PEG 1K/MPD (1:1:1) 37.5%, Bicine/Trizma 0.1 M pH 8.5, Morpheus III Alkaloids 0.8% w/v, Morpheus Alcohols 0.12 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.84 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.84 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.537→88.071 Å / Num. obs: 59575 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 1.537→1.595 Å / Num. unique obs: 5803 / CC_1/2: 0.34 / R_rim(I) all: 1.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.537→88.071 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.251 / WR_factor R_work: 0.218 / SU B: 1.74 / SU ML: 0.062 / Average fsc free: 0.9124 / Average fsc work: 0.9236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	2978	4.999 %
R_work	0.1858	56597	-
all	0.187	-	-
obs	-	59575	92.414 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.863 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.578 Å²	0 Å²	-0.501 Å²
2-	-	0.539 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.284 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.537→88.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3149	0	477	159	3785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.789	1.667	5002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.406	1.597	7848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.302	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.34	23.608	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.382	15	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.163	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.342	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	3011
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.672	1.777	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.669	1.775	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.407	2.668	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.407	2.668	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.128	2.143	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.127	2.143	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.919	3.056	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.919	3.057	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.93	20.472	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.923	20.393	3709

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.537-1.577	0.313	213	0.289	3928	0.291	4768	0.777	0.781	86.8498	0.281
1.577-1.62	0.317	226	0.254	4312	0.257	4592	0.821	0.851	98.824	0.245
1.62-1.667	0.249	203	0.22	4219	0.222	4459	0.883	0.895	99.1702	0.215
1.667-1.718	0.245	207	0.203	4026	0.205	4357	0.895	0.913	97.154	0.2
1.718-1.775	0.222	196	0.198	3515	0.199	4236	0.915	0.923	87.6062	0.195
1.775-1.837	0.22	223	0.178	3853	0.18	4106	0.929	0.941	99.2694	0.181
1.837-1.906	0.191	156	0.169	3174	0.17	3904	0.943	0.951	85.2971	0.172
1.906-1.984	0.201	133	0.178	2670	0.179	3835	0.942	0.946	73.09	0.185
1.984-2.072	0.218	170	0.17	3124	0.172	3629	0.937	0.955	90.7688	0.18
2.072-2.173	0.224	173	0.185	3119	0.187	3487	0.934	0.947	94.4078	0.203
2.173-2.291	0.211	150	0.173	2811	0.175	3342	0.941	0.95	88.5996	0.194
2.291-2.43	0.198	138	0.172	2981	0.173	3144	0.947	0.953	99.2048	0.2
2.43-2.597	0.211	138	0.182	2813	0.183	2978	0.947	0.953	99.0934	0.22
2.597-2.805	0.219	131	0.18	2299	0.182	2759	0.947	0.955	88.0754	0.221
2.805-3.072	0.241	127	0.192	2417	0.195	2568	0.936	0.944	99.0654	0.242
3.072-3.435	0.203	121	0.173	2119	0.175	2317	0.95	0.958	96.6767	0.226
3.435-3.965	0.205	74	0.176	1518	0.177	2056	0.949	0.96	77.4319	0.227
3.965-4.854	0.147	80	0.158	1669	0.158	1752	0.968	0.97	99.8288	0.237
4.854-6.854	0.196	79	0.209	1285	0.208	1370	0.964	0.96	99.562	0.332
6.854-88.071	0.29	40	0.225	744	0.228	805	0.937	0.963	97.3913	0.333

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関連情報:EMDBヘッダ

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