PDB-8ovv: Tagless BtuM in complex with hydroxycobalamin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ovv

タイトル

Tagless BtuM in complex with hydroxycobalamin

要素

Cobalamin ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Cobalamin / Membrane transporter

機能・相同性

membrane / COBALAMIN / Cobalamin ABC transporter

機能・相同性情報

生物種

Thiobacillus denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Martinez-Felices, J.M. / Slotboom, D.J.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Thiobacillus denitrificans cobalamin transporter BtuM in complex with cyanocobalamin
著者: Martinez-Felices, J.M. / Slotboom, D.J.

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ovv.cif.gz	121.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ovv.ent.gz	71.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ovv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c7p
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cobalamin ABC transporter

ヘテロ分子

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.982, 95.982, 77.291
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質

Cobalamin ABC transporter

分子量: 21794.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thiobacillus denitrificans (バクテリア)
遺伝子: Tbd_2719 / 発現宿主:

Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3SFD8

#2: 化合物

ChemComp-B12 / COBALAMIN

分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.92 % / 解説: Pink-coloured bars
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 37 % v/v Pentaerythritol propoxylate (PO/OH).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.98435 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98435 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→83.123 Å / Num. obs: 17803 / % possible obs: 75.6 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.7 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 1.013 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 35 / CC_1/2: 0.291 / R_pim(I) all: 1.013 / R_rim(I) all: 1.433 / Χ²: 0.32 / % possible all: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.26→83.123 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.169 / WR_factor R_work: 0.142 / SU B: 5.949 / SU ML: 0.069 / Average fsc free: 0.9818 / Average fsc work: 0.9878 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	782	4.942 %
R_work	0.1816	15043	-
all	0.183	-	-
obs	-	15825	80.592 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.694 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-20.249 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-20.249 Å²	-0 Å²
3-	-	-	40.498 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→83.123 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1348	0	196	36	1580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.738	1.686	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.801	5	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.629	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.56	10	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.141	10	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.273	3.319	700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.931	5.922	872
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.468	3.655	903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.068	6.599	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.927	39.512	6532
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	9.228	3	1603

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.26-2.319	0.402	30	0.249	427	X-RAY DIFFRACTION	32.0477
2.319-2.382	0.533	20	0.269	538	X-RAY DIFFRACTION	40.0287
2.382-2.451	0.51	31	0.245	626	X-RAY DIFFRACTION	48.5229
2.451-2.527	0.267	39	0.273	707	X-RAY DIFFRACTION	55.5473
2.527-2.609	0.298	51	0.306	835	X-RAY DIFFRACTION	70.1504
2.609-2.701	0.244	66	0.307	1123	X-RAY DIFFRACTION	96.042
2.701-2.803	0.296	46	0.257	1146	X-RAY DIFFRACTION	99.4992
2.803-2.917	0.267	55	0.192	1115	X-RAY DIFFRACTION	99.5745
2.917-3.047	0.16	77	0.198	1000	X-RAY DIFFRACTION	99.8146
3.047-3.195	0.202	47	0.17	1030	X-RAY DIFFRACTION	99.8146
3.195-3.368	0.147	42	0.161	952	X-RAY DIFFRACTION	99.5992
3.368-3.572	0.226	40	0.141	932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.572-3.818	0.131	38	0.143	727	X-RAY DIFFRACTION	85.0945
3.818-4.123	0.132	41	0.129	686	X-RAY DIFFRACTION	84.8308
4.123-4.515	0.163	32	0.127	740	X-RAY DIFFRACTION	99.8706
4.515-5.046	0.156	33	0.14	684	X-RAY DIFFRACTION	100
5.046-5.823	0.223	20	0.154	607	X-RAY DIFFRACTION	100
5.823-7.123	0.143	28	0.171	523	X-RAY DIFFRACTION	100
7.123-10.037	0.139	30	0.147	398	X-RAY DIFFRACTION	100
10.037-83.123	0.329	16	0.235	247	X-RAY DIFFRACTION	99.2453

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 42.7441 Å / Origin y: -22.3537 Å / Origin z: -31.0979 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0155 Å²	0.0015 Å²	-0.0002 Å²	-	0.0179 Å²	-0.0034 Å²	-	-	0.001 Å²
L	0.0179 °²	0.0027 °²	0.0289 °²	-	0.0226 °²	0.0052 °²	-	-	0.0488 °²
S	0.002 Å °	0.0006 Å °	-0.0017 Å °	0.003 Å °	-0.0004 Å °	0.0021 Å °	-0.0021 Å °	-0.0025 Å °	-0.0017 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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