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- PDB-8ovr: Clostridium perfringens chitinase CP56_3454 apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ovr
タイトルClostridium perfringens chitinase CP56_3454 apo form
要素Chitinase B
キーワードHYDROLASE / chitinase / TIM barrel / necrotic enteritis
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Clostridium perfringens chitinase CP56_3454 apo form
著者: Bloch, Y. / Savvides, S.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2023年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3296
ポリマ－69,4841
非ポリマー8455
水11,890660
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22790 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)192.876, 59.803, 68.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-891-

HOH

21A-1234-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Chitinase B / Glycosyl hydrolase


分子量: 69484.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues [600-630] cloning scar and purification tags tags, not removed.
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: CP4_3454, pNetB_00069 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: F8UNI4
#2: 化合物 ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES


分子量: 302.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O6S2 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: BCS E7: 0.1 M MgFormate 0.1 M RbCl 0.1 M PIPES pH 7 25% PEG Smear High

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→65.28 Å / Num. obs: 98121 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.12 % / Biso Wilson estimate: 22.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 15.08
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4.78-65.286.12644.8237960.9980.0499.2
1.6-1.696.0451.73154920.7340.9298

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20180126データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→45.09 Å / SU ML: 0.1914 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.3448
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1716 2068 2.11 %
Rwork0.1534 96040 -
obs0.1538 98108 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4425 0 51 660 5136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01084649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11566320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.60751720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.30161360.28656084X-RAY DIFFRACTION95.41
1.64-1.680.2821270.25476373X-RAY DIFFRACTION99.91
1.68-1.720.27611450.26036397X-RAY DIFFRACTION99.89
1.72-1.770.31581320.28696369X-RAY DIFFRACTION99.88
1.77-1.830.2231430.22246404X-RAY DIFFRACTION99.86
1.83-1.890.18481270.16466401X-RAY DIFFRACTION99.82
1.89-1.970.17391460.14426408X-RAY DIFFRACTION99.94
1.97-2.060.17531350.1496398X-RAY DIFFRACTION99.83
2.06-2.170.17711480.15486387X-RAY DIFFRACTION99.94
2.17-2.30.15891350.13096446X-RAY DIFFRACTION99.91
2.3-2.480.17111420.1336392X-RAY DIFFRACTION99.94
2.48-2.730.14471340.13746457X-RAY DIFFRACTION99.95
2.73-3.130.16571320.14526467X-RAY DIFFRACTION99.91
3.13-3.940.1591420.13876473X-RAY DIFFRACTION99.91
3.94-45.090.1451440.14276584X-RAY DIFFRACTION99.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3637439583-0.06923000732790.371058099140.5213047545440.0205799893240.56544841455-0.05704456323860.09085237880390.1736619734180.0005853865722850.02879953659930.0543094863952-0.02342129888710.06406011739240.03045339507570.179874260767-0.01300720103570.007386339836660.1426919333680.03140109997510.15275656642865.33622.2245.116
21.209091381180.172639885494-0.2011434258670.711538669564-0.03830365814140.743948646987-0.07057878269410.189334035589-0.160219006606-0.03542015478570.0645751118961-0.0067837808640.09889191236750.02538014615480.00121278658920.177096582709-0.01577111782650.008301275799120.146045951477-0.01092790745030.14508463554566.930.2437.498
31.70792035824-1.101782181290.106204419210.677591353011-0.4336125582050.503298418198-0.19403286403-0.1043646270410.3797472427570.3089722370890.0160482603703-0.248801311294-0.147300171085-0.1946776539190.1369826793080.2763135425440.0411389457837-0.07006966901790.21818610868-0.02721741412410.33151511798937.63940.81247.763
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 25:235 OR RESID 701:701 ) )A25 - 235
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 25:235 OR RESID 701:701 ) )A701
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 236:445 )A236 - 445
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 446:596 )A446 - 596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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