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万見
- PDB-8ovl: NMR solution structure of the heavy metal binding domain of P1B-A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ovl
タイトルNMR solution structure of the heavy metal binding domain of P1B-ATPase LpCopA.
要素Copper-translocating P-type ATPase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ATPase / metal binding / SilB-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / P-type ATPase, subfamily IB / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase ...Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / P-type ATPase, subfamily IB / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-translocating P-type ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nielsen, T.J.
資金援助 デンマーク, スウェーデン, 15件
組織認可番号国
LundbeckfondenR133-A12689 デンマーク
LundbeckfondenR313-2019-774 デンマーク
Danish National Research Foundation デンマーク
Knut and Alice Wallenberg Foundation2015.0131 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2020.0194 スウェーデン
The Carlsberg FoundationCF15-0542 デンマーク
The Carlsberg FoundationCF21-0647 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF16OC0021272 デンマーク
Other privateA29519 デンマーク
Other private16-1992 デンマーク
Other private20170818, 20180652 & 20200739 スウェーデン
Other private38267 デンマーク
Danish Council for Independent Research9039-00273 デンマーク
Swedish Research Council2016-04474 & 2022-01315 スウェーデン
Danish National Research FoundationDNRF 59 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR solution structure of the heavy metal binding domain of P1B-ATPase LpCopA.
著者: Nielsen, J.T.
履歴
登録2023年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-translocating P-type ATPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1871
ポリマ－9,1871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 400target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Copper-translocating P-type ATPase


分子量: 9187.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-35 and 71-83 are disordered and, hence, are not modeled in the coordinate file
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: copA1 / 発現宿主: Yeast two-hybrid vector pC-ACT.1 (その他) / 参照: UniProt: Q8RNP6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D 1H-15N TOCSY
161isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D 1H-13C NOESY
1122isotropic12D 1H-15N HSQC
1112isotropic12D 1H-13C HSQC
1102isotropic13D 1H-15N NOESY
192isotropic13D 1H-13C NOESY
1132isotropic13D HNCO
1142isotropic13D H(CCO)NH
1152isotropic13D H(CCO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1100 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] Heavy metal binding domain (HMBD) of LpCopA, 50 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, 100 mM KCl, 2 mM TCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine), 90% H2O/10% D2OHMBD apo90% H2O/10% D2O
solution2100 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] Heavy metal binding domain (HMBD) of LpCopA, 13 mM AgNO3, 50 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, 100 mM KCl, 2 mM TCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine), 90% H2O/10% D2OHMBD Ag bound90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mg/mLHeavy metal binding domain (HMBD) of LpCopA[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acidnatural abundance1
100 mMKClnatural abundance1
2 mMTCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine)natural abundance1
100 mg/mLHeavy metal binding domain (HMBD) of LpCopA[U-100% 13C; U-100% 15N]2
13 mMAgNO3natural abundance2
50 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acidnatural abundance2
100 mMKClnatural abundance2
2 mMTCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine)natural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM KCl mM / Label: Buffer / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 / 詳細: Xplor-NIH
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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