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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ovk | ||||||||||||
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タイトル | Lipidic amyloid-beta(1-40) fibril - polymorph L1 | ||||||||||||
![]() | Amyloid-beta A4 protein | ||||||||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / amyloid-beta / fibril / lipids | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() signaling receptor activator activity / Golgi-associated vesicle / clathrin-coated pit / axonogenesis / central nervous system development / heparin binding / growth cone / perikaryon / early endosome / membrane raft ...signaling receptor activator activity / Golgi-associated vesicle / clathrin-coated pit / axonogenesis / central nervous system development / heparin binding / growth cone / perikaryon / early endosome / membrane raft / signaling receptor binding / cell surface / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å | ||||||||||||
![]() | Frieg, B. / Han, M. / Giller, K. / Dienemann, C. / Riedel, D. / Becker, S. / Andreas, L.B. / Griesinger, C. / Schroeder, G.F. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of lipidic fibrils of amyloid-β (1-40). 著者: Benedikt Frieg / Mookyoung Han / Karin Giller / Christian Dienemann / Dietmar Riedel / Stefan Becker / Loren B Andreas / Christian Griesinger / Gunnar F Schröder / ![]() 要旨: Alzheimer's disease (AD) is a progressive and incurable neurodegenerative disease characterized by the extracellular deposition of amyloid plaques. Investigation into the composition of these plaques ...Alzheimer's disease (AD) is a progressive and incurable neurodegenerative disease characterized by the extracellular deposition of amyloid plaques. Investigation into the composition of these plaques revealed a high amount of amyloid-β (Aβ) fibrils and a high concentration of lipids, suggesting that fibril-lipid interactions may also be relevant for the pathogenesis of AD. Therefore, we grew Aβ40 fibrils in the presence of lipid vesicles and determined their structure by cryo-electron microscopy (cryo-EM) to high resolution. The fold of the major polymorph is similar to the structure of brain-seeded fibrils reported previously. The majority of the lipids are bound to the fibrils, as we show by cryo-EM and NMR spectroscopy. This apparent lipid extraction from vesicles observed here in vitro provides structural insights into potentially disease-relevant fibril-lipid interactions. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17218MC ![]() 8ovmC ![]() 8owdC ![]() 8oweC ![]() 8owjC ![]() 8owkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 1 - 40 / Label seq-ID: 1 - 40
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4335.852 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: The L1 amyloid-beta(1-40) fibril in complex with lipids タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 179.63 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.35 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177981 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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