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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ovi | ||||||
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タイトル | BRICHOS monomer | ||||||
要素 | Pulmonary surfactant-associated protein C (Fragment) | ||||||
キーワード | CHAPERONE / PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alveolar lamellar body / respiratory gaseous exchange by respiratory system / extracellular space / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Ghosh, D. / Torres, F. / Guentert, P. / Riek, R. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The inhibitory action of the chaperone BRICHOS against the alpha-Synuclein secondary nucleation pathway at near-atomic resolution 著者: Ghosh, D. / Torres, F. / Guentert, P. / Riek, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ovi.cif.gz | 651.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ovi.ent.gz | 544 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ovi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ovi_validation.pdf.gz | 551.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ovi_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ovi_validation.xml.gz | 91.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ovi_validation.cif.gz | 110.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ox2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11962.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFTPC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S2Z4Q0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | Sample state: isotropic / タイプ: NOESY |
-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1 mM [U-13C; U-15N] BRICHOS protein, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 50 mM / Label: 1 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: cryoprobe |
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-解析
NMR software | 名称: CYANA / バージョン: 3.98.15 / 開発者: P. Guentert / 分類: structure calculation |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: closest to the average |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |