PDB-8ovh: Crystal structure of O-acetyl-L-homoserine sulfhydrolase from Sac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ovh

タイトル

Crystal structure of O-acetyl-L-homoserine sulfhydrolase from Saccharomyces cerevisiae in complex with Pyridoxal-5'-phosphate

要素

Homocysteine/cysteine synthase

キーワード

LYASE / Homocysteine/cysteine synthase / O-acetyl-L-homoserine lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase / O-acetylhomoserine sulfhydrylase activity / O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase activity / methionine metabolic process / L-homocysteine biosynthetic process / sulfate assimilation / cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process / transsulfuration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.171 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Andexer, J.N. / Mohr, M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Enzymatic Synthesis of l-Methionine Analogues and Application in a Methyltransferase Catalysed Alkylation Cascade.
著者: Mohr, M.K.F. / Saleem-Batcha, R. / Cornelissen, N.V. / Andexer, J.N.

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年9月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ovh.cif.gz	338.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ovh.ent.gz	263.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ovh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ovh_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ovh_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8ovh_validation.xml.gz	62.6 KB	表示
CIF形式データ	8ovh_validation.cif.gz	86.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Homocysteine/cysteine synthase

B: Homocysteine/cysteine synthase

C: Homocysteine/cysteine synthase

D: Homocysteine/cysteine synthase

ヘテロ分子

205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.579, 118.218, 131.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.908, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Homocysteine/cysteine synthase / O-acetylserine/O-acetylhomoserine sulfhydrylase / OAS-OAH SHLase / OAS-OAH sulfhydrylase 分子量: 50897.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MET17, MET15, MET25, YLR303W, L8003.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P06106, cysteine synthase, O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.13 % / 解説: Yellow Cuboid blocks
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 22% (w/v) PEG 6000, 200 mM LiCl, and 100 mM sodium acetate, pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月8日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→49.59 Å / Num. obs: 629183 / % possible obs: 97.46 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.17→2.21 Å / R_merge(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3958

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.171→49.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 6.644 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2376	4833	5 %
R_work	0.1715	91819	-
all	0.175	-	-
obs	-	96652	97.447 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.078 Å²	0 Å²	0.034 Å²
2-	-	-0.051 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.125 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.171→49.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12380	0	88	482	12950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	12785
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11815
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.592	1.647	17364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.516	1.571	27232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.643	5	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.834	5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.562	10	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.866	10	580
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	14846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	11454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	6345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	6939
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.05	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.329	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.07	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.224	5.193	6389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.22	5.193	6389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.342	9.297	7960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.343	9.299	7961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.072	5.806	6396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.071	5.805	6397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.852	10.416	9404
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.852	10.416	9405
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.257	49.662	14408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.263	49.603	14344

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.171-2.227	0.356	305	0.319	5798	X-RAY DIFFRACTION	83.1811
2.227-2.288	0.317	331	0.286	6286	X-RAY DIFFRACTION	93.1841
2.288-2.354	0.282	340	0.23	6461	X-RAY DIFFRACTION	98.6796
2.354-2.426	0.268	334	0.207	6353	X-RAY DIFFRACTION	99.4349
2.426-2.506	0.278	325	0.203	6167	X-RAY DIFFRACTION	99.6011
2.506-2.593	0.258	313	0.191	5943	X-RAY DIFFRACTION	99.5228
2.593-2.691	0.245	303	0.172	5771	X-RAY DIFFRACTION	99.7045
2.691-2.8	0.248	293	0.163	5553	X-RAY DIFFRACTION	98.9673
2.8-2.925	0.228	276	0.164	5237	X-RAY DIFFRACTION	98.6755
2.925-3.067	0.252	264	0.168	5038	X-RAY DIFFRACTION	98.0762
3.067-3.232	0.253	253	0.174	4818	X-RAY DIFFRACTION	99.5094
3.232-3.427	0.241	243	0.171	4605	X-RAY DIFFRACTION	99.4666
3.427-3.662	0.238	224	0.164	4265	X-RAY DIFFRACTION	99.2263
3.662-3.954	0.186	211	0.139	4003	X-RAY DIFFRACTION	99.2697
3.954-4.329	0.204	190	0.131	3608	X-RAY DIFFRACTION	97.0859
4.329-4.835	0.204	176	0.134	3344	X-RAY DIFFRACTION	99.127
4.835-5.574	0.192	157	0.148	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.4625
5.574-6.806	0.255	133	0.184	2524	X-RAY DIFFRACTION	99.4014
6.806-9.535	0.216	101	0.152	1902	X-RAY DIFFRACTION	96.9506
9.535-49.59	0.301	61	0.234	1154	X-RAY DIFFRACTION	99.7537

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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