PDB-8ov9: Crystal structure of Ene-reductase 1 from black poplar mushroom

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ov9

タイトル

Crystal structure of Ene-reductase 1 from black poplar mushroom

要素

Ene-reductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NAD/NADP-dependent dehydrogenase / ene/yne-reductase / fungal secondary metabolites

機能・相同性

機能・相同性情報

2-alkenal reductase [NAD(P)+] / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能

生物種

Cyclocybe aegerita (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Korf, L. / Essen, L.-O. / Karrer, D. / Ruehl, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Shifting the substrate scope of an ene/yne-reductase by loop engineering
著者: Karrer, D. / Wedler, E. / Mewe, C. / Gand, M. / Vogt, M.S. / Korf, L. / Essen, L.-O. / Ruehl, M.

履歴

登録	2023年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ov9.cif.gz	263.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ov9.ent.gz	178.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ov9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ov9_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ov9_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	8ov9_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	8ov9_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ov9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ov9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ov8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ene-reductase 1

ヘテロ分子

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ene-reductase 1

ヘテロ分子

A: Ene-reductase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
77.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.310, 59.308, 208.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1122- HOH

#1: タンパク質	Ene-reductase 1 分子量: 38181.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyclocybe aegerita (菌類) / 遺伝子: ENR1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A8A1QR26
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 1.6 M Ammonium sulfate 9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→41.58 Å / Num. obs: 867680 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 13.39 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.06758 / R_pim(I) all: 0.01922 / R_rim(I) all: 0.07033 / Net I/σ(I): 21.57
反射シェル	解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.4442 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / Num. unique obs: 6759 / CC_1/2: 0.856 / CC star: 0.96 / R_pim(I) all: 0.2288 / R_rim(I) all: 0.5014 / % possible all: 50.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_4788	精密化
PHENIX	dev_4788	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.41→41.58 Å / SU ML: 0.0969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.308
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1527	3360	4.96 %
R_work	0.1245	64403	-
obs	0.1259	67763	97.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→41.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2615	0	30	635	3280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0085	2799
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0508	3801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0802	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0095	494
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2052	1035

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.43	0.1868	67	0.1712	1403	X-RAY DIFFRACTION	50.76
1.43-1.45	0.1886	132	0.1431	2382	X-RAY DIFFRACTION	88.87
1.45-1.48	0.1882	135	0.1247	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.48-1.5	0.176	130	0.119	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.5-1.53	0.1458	125	0.1147	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.17
1.53-1.55	0.146	142	0.113	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.55-1.58	0.1308	118	0.1084	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.58-1.62	0.16	138	0.107	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.62-1.65	0.131	156	0.1052	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.69	0.158	130	0.1077	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.1676	162	0.1087	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.73-1.78	0.1429	130	0.1085	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.78-1.83	0.1375	138	0.1143	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.83-1.89	0.1608	158	0.1161	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.96	0.139	152	0.1166	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.04	0.1328	168	0.11	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.13	0.1303	105	0.1095	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.13-2.24	0.1293	142	0.1129	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.24-2.38	0.1457	122	0.1108	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.38-2.57	0.1428	156	0.1198	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.57-2.83	0.1447	151	0.1281	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.23	0.1408	158	0.1268	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-4.07	0.1593	165	0.1282	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-41.58	0.1815	180	0.162	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.78

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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