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- PDB-8ov5: PERIDININ-CHLOROPHYLL-PROTEIN OF AMPHIDINIUM CARTERAE, 100K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ov5
タイトルPERIDININ-CHLOROPHYLL-PROTEIN OF AMPHIDINIUM CARTERAE, 100K
要素Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Light Harvesting / Carotenoid / Chlorophyll / Lipid / Dinoflagellates
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / chlorophyll binding / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Peridinin-chlorophyll A binding protein / Peridinin-chlorophyll A binding superfamily / Peridinin-chlorophyll A binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL A / PERIDININ / : / Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Amphidinium carterae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Hofmann, E. / Johanning, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB480 ドイツ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2024
タイトル: Structural and spectroscopic characterization of the peridinin-chlorophyll a-protein (PCP) complex from Heterocapsa pygmaea (HPPCP).
著者: Schulte, T. / Magdaong, N.C.M. / Di Valentin, M. / Agostini, A. / Tait, C.E. / Niedzwiedzki, D.M. / Carbonera, D. / Hofmann, E.
履歴
登録2023年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年10月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
N: Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
O: Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,40142
ポリマ－97,5633
非ポリマー26,83839
水32,2831792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50970 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area33990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.140, 115.610, 65.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11N-845-

HOH

21N-968-

HOH

31N-1084-

HOH

41N-1087-

HOH

51N-1261-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 MNO

#1: タンパク質 Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic / PCP


分子量: 32521.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphidinium carterae (真核生物) / 発現宿主: Amphidinium carterae (真核生物) / 参照: UniProt: P80484

-
非ポリマー , 5種, 1831分子

#2: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-PID / PERIDININ


分子量: 630.810 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H50O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-W4I / [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-[(6~{Z},9~{Z},12~{Z},15~{Z})-octadeca-6,9,12,15-tetraenoyl]oxy-propyl] (5~{Z},8~{Z},11~{Z},14~{Z},17~{Z})-icosa-5,8,11,14,17-pentaenoate


分子量: 959.209 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H82O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 14% PEG8000, 100mM Tris-HCL pH 7.5, 200mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→49.82 Å / Num. obs: 444109 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 13.33
反射 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 12493 / CC1/2: 0.44 / Rrim(I) all: 1.111 / % possible all: 32.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487位相決定
XDSVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210323データ削減
XSCALEVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210323データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.15→43.38 Å / SU ML: 0.0938 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.0724
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1547 22204 5 %
Rwork0.1407 421860 -
obs0.1414 444064 85.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→43.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6846 0 1908 1792 10546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01229639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.180913398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07191371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01491740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.03773570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.160.33622530.31814798X-RAY DIFFRACTION29.36
1.16-1.180.2772980.29265658X-RAY DIFFRACTION34.35
1.18-1.190.29853490.28276632X-RAY DIFFRACTION40.5
1.19-1.210.28153960.27767540X-RAY DIFFRACTION46.16
1.21-1.220.27594470.26098488X-RAY DIFFRACTION51.74
1.22-1.240.26415040.24329594X-RAY DIFFRACTION58.39
1.24-1.260.25495610.227310678X-RAY DIFFRACTION65.18
1.26-1.280.24816230.226111809X-RAY DIFFRACTION72.22
1.28-1.30.24126970.215713242X-RAY DIFFRACTION80.56
1.3-1.320.21627880.205214959X-RAY DIFFRACTION90.99
1.32-1.340.20518630.192316390X-RAY DIFFRACTION99.95
1.34-1.360.19168600.178316323X-RAY DIFFRACTION99.95
1.36-1.390.18818610.173116410X-RAY DIFFRACTION99.79
1.39-1.420.19218620.164916375X-RAY DIFFRACTION99.92
1.42-1.450.17448640.155416423X-RAY DIFFRACTION99.83
1.45-1.480.15788610.144716368X-RAY DIFFRACTION99.83
1.48-1.520.1558620.133516369X-RAY DIFFRACTION99.9
1.52-1.560.1448650.128916434X-RAY DIFFRACTION99.87
1.56-1.610.14868650.12716433X-RAY DIFFRACTION99.97
1.61-1.660.14358630.121716400X-RAY DIFFRACTION99.94
1.66-1.720.13648610.123116363X-RAY DIFFRACTION99.95
1.72-1.790.14528670.125816459X-RAY DIFFRACTION99.96
1.79-1.870.13978660.127116465X-RAY DIFFRACTION99.98
1.87-1.970.14378620.129916374X-RAY DIFFRACTION99.86
1.97-2.090.13768650.129516431X-RAY DIFFRACTION99.86
2.09-2.250.13468650.122916441X-RAY DIFFRACTION99.93
2.25-2.480.12998670.116416450X-RAY DIFFRACTION99.79
2.48-2.840.13728670.126316483X-RAY DIFFRACTION99.76
2.84-3.570.1518690.138616478X-RAY DIFFRACTION99.78
3.57-43.380.15318730.139916593X-RAY DIFFRACTION99.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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