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- PDB-8ov0: MUC5AC CysD7 amino acids 3518-3626 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ov0
タイトルMUC5AC CysD7 amino acids 3518-3626
要素Mucin-5AC
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Disulfide / Mucus / CysD / Assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


mucus layer / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / extracellular matrix structural constituent / Dectin-2 family / extracellular matrix / Golgi lumen ...mucus layer / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / extracellular matrix structural constituent / Dectin-2 family / extracellular matrix / Golgi lumen / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. ...WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Khmelnitsky, L. / Milo, A. / Dym, O. / Fass, D.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation2660/20 イスラエル
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Diversity of CysD domains in gel-forming mucins.
著者: Khmelnitsky, L. / Milo, A. / Dym, O. / Fass, D.
履歴
登録2023年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucin-5AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7693
ポリマ－12,6931
非ポリマー762
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.659, 22.921, 66.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Mucin-5AC / MUC-5AC / Gastric mucin / Major airway glycoprotein / Mucin-5 subtype AC / tracheobronchial / ...MUC-5AC / Gastric mucin / Major airway glycoprotein / Mucin-5 subtype AC / tracheobronchial / Tracheobronchial mucin / TBM


分子量: 12693.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC5AC, MUC5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P98088
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 150 mM ammonium chloride 100 mM sodium acetate pH 5.1 32% PEG 3350 5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.3405 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日
放射モノクロメーター: Ga / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3405 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→22 Å / Num. obs: 10154 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 12.43 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.02837 / Rpim(I) all: 0.02837 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / Num. unique obs: 1036 / CC1/2: 0.975

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrysalisProデータスケーリング
CrysalisProデータ削減
PHENIX1.20.1_4487位相決定
Coot0.9.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→22 Å / SU ML: 0.1355 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.0994
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 708 6.97 %
Rwork0.1792 9446 -
obs0.1825 10154 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数828 0 2 121 951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16741185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0714126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8183122
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.830.23361400.17961890X-RAY DIFFRACTION98.78
1.83-2.020.20261490.18291898X-RAY DIFFRACTION98.98
2.02-2.310.23441390.18031892X-RAY DIFFRACTION98.59
2.31-2.90.2891370.19871864X-RAY DIFFRACTION95.93
2.91-220.20171430.16711902X-RAY DIFFRACTION94.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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