PDB-8ouq: Clr-11 from Rattus norvegicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ouq

タイトル

Clr-11 from Rattus norvegicus

要素

C-type lectin domain family 2 member D11

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / CTLD FOLD /

NATURAL KILLER CELL (ナチュラルキラー細胞)

機能・相同性

機能・相同性情報

natural killer cell lectin-like receptor binding /

carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Skalova, T. / Blaha, J. / Kalouskova, B. / Skorepa, O. / Vanek, O. / Dohnalek, J.

資金援助

チェコ, European Union, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Clr-11 from Rattus norvegicus
著者: Skalova, T. / Blaha, J. / Kalouskova, B. / Skorepa, O. / Vanek, O. / Dohnalek, J.

履歴

登録	2023年4月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ouq.cif.gz	76.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ouq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ouq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ouq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ouq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j2s 7odu
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/953 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: C-type lectin domain family 2 member D11

BBB: C-type lectin domain family 2 member D11

ヘテロ分子

31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.863, 69.346, 62.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.853, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

C-type lectin domain family 2 member D11 / C-type lectin-related protein B / Clr-b / Lectin-like transmembrane protein / Osteoclast inhibitory lectin

分子量: 15729.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: STRAIN OF RAT: WAG / 遺伝子: Clec2d11, Clrb, Ocil / プラスミド: PTW5SEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY / 参照: UniProt: Q0H8B9

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2 M sodium formate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→46.23 Å / Num. obs: 34197 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.1 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.933 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1687 / CC_1/2: 0.967 / R_pim(I) all: 0.258 / R_rim(I) all: 0.968 / Χ²: 0.99 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→46.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / SU B: 1.993 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2346	986	3 %	random
R_work	0.1903	34084	-	-
all	0.19	-	-	-
obs	-	34084	98.654 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.127 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.619 Å²	0 Å²	-0.216 Å²
2-	-	3.067 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.357 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2063	0	28	276	2367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.848	1.66	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.554	1.597	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.101	5	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.273	21.143	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.407	15	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.027	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.107	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.15	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.062	1.759	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.057	1.757	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.939	2.631	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.939	2.633	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.365	2.188	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.364	2.188	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.16	3.133	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.158	3.134	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.536	21.985	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.429	21.296	2615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.258	2488	X-RAY DIFFRACTION	97.3396
1.642-1.686	0.254	2449	X-RAY DIFFRACTION	98.1563
1.686-1.735	0.234	2357	X-RAY DIFFRACTION	97.9634
1.735-1.789	0.223	2306	X-RAY DIFFRACTION	98.295
1.789-1.847	0.204	2208	X-RAY DIFFRACTION	98.4835
1.847-1.912	0.203	2169	X-RAY DIFFRACTION	98.5014
1.912-1.984	0.216	2068	X-RAY DIFFRACTION	97.7316
1.984-2.065	0.184	2042	X-RAY DIFFRACTION	98.7427
2.065-2.157	0.17	1923	X-RAY DIFFRACTION	99.3798
2.157-2.262	0.183	1814	X-RAY DIFFRACTION	97.1612
2.262-2.384	0.169	1783	X-RAY DIFFRACTION	98.5083
2.384-2.529	0.178	1668	X-RAY DIFFRACTION	99.5227
2.529-2.703	0.178	1572	X-RAY DIFFRACTION	99.6829
2.703-2.919	0.183	1491	X-RAY DIFFRACTION	99.7992
2.919-3.197	0.191	1357	X-RAY DIFFRACTION	99.7794
3.197-3.573	0.168	1235	X-RAY DIFFRACTION	99.9191
3.573-4.123	0.162	1083	X-RAY DIFFRACTION	99.7238
4.123-5.045	0.168	949	X-RAY DIFFRACTION	100
5.045-7.111	0.221	709	X-RAY DIFFRACTION	100
7.111-46.23	0.27	413	X-RAY DIFFRACTION	98.568

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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