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- PDB-8oup: Structural characterization of the hexa-coordinated globin from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oup
タイトルStructural characterization of the hexa-coordinated globin from Spisula solidissima
要素Nerve hemoglobin
キーワードOXYGEN BINDING / Nerve hemoglobins / heme hexa-coordination / dimeric hemoglobins
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nerve hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Spisula solidissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nardini, M. / Pesce, A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-117646RB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesCEX2021-001202-M スペイン
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / : 2023
タイトル: Structural and dynamic characterization of the hexa-coordinated globin from Spisula solidissima.
著者: Pesce, A. / Barmpidi, K. / Dewilde, S. / Estarellas, C. / Moens, L. / Bolognesi, M. / Luque, F.J. / Nardini, M.
履歴
登録2023年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nerve hemoglobin
B: Nerve hemoglobin
C: Nerve hemoglobin
D: Nerve hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,22212
ポリマ-73,3884
非ポリマー2,8348
16,358908
1
A: Nerve hemoglobin
B: Nerve hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2958
ポリマ-36,6942
非ポリマー1,6016
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
2
C: Nerve hemoglobin
D: Nerve hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9274
ポリマ-36,6942
非ポリマー1,2332
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area14600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.219, 50.684, 74.165
Angle α, β, γ (deg.)75.65, 88.09, 85.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Nerve hemoglobin


分子量: 18347.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spisula solidissima (無脊椎動物)
遺伝子: nHb
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q3MQ26
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, and 50 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.01 Å / Num. obs: 70881 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 11.9 / Num. unique obs: 10388 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
SCALAデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→49.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.732 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19685 3579 5 %RANDOM
Rwork0.14981 ---
obs0.1522 67301 94.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20.11 Å2-0.63 Å2
2---0.27 Å2-0.24 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4875 0 196 908 5979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0125449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7231.6947456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6081.60311730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7615667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.6771021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61510962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9231.5642484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9211.5642484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9732.3313117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9732.3323118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7071.8442965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7071.8452966
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1292.634307
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.41528.7027258
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.00323.6626912
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 251 -
Rwork0.162 5000 -
obs--94.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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