ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0253精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 XDSデータ削減 XSCALEデータスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.1→46.42 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.976 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.955 / SU B : 15.881 / SU ML : 0.186 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.215 / ESU R Free : 0.18 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2193 998 2.2 % RANDOM Rwork 0.165 - - - obs 0.1662 44987 99.58 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 141.13 Å2 / Biso mean : 47.76 Å2 / Biso min : 32.22 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.51 Å2 -0 Å2 -0 Å2 2- - 2.2 Å2 0 Å2 3- - - -1.68 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.1→46.42 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 6445 0 117 208 6770 Biso mean - - 68.84 53.59 - 残基数 - - - - 780
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.011 0.013 6721 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 6234 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.713 1.653 9075 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.335 1.572 14429 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg9.161 5 779 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.431 22.366 372 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.441 15 1114 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg20.951 15 39 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.083 0.2 805 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.01 0.02 7385 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 1472
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.338 72 - Rwork 0.323 3264 - all - 3336 - obs - - 98.7 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.6208 0.1716 -0.1123 1.2094 -0.0326 1.0342 0.0123 -0.0101 0.0838 0.062 -0.0117 -0.0031 -0.2451 -0.0215 -0.0006 0.4516 -0.0027 -0.0021 0.1901 -0.0279 0.0158 26.9144 15.5404 17.8071 2 1.3462 0.4037 0.1747 1.4098 0.1762 2.9722 0.0688 -0.1201 -0.2421 0.1564 -0.0085 -0.0924 0.3994 0.0816 -0.0603 0.4469 0.0135 -0.006 0.1769 0.0199 0.0529 32.4858 -18.36 20.5834 3 4.3997 -0.2204 -1.1484 1.9633 0.3531 2.4659 0.042 0.0978 -0.1769 0.1108 -0.1567 0.381 0.0428 -0.5902 0.1147 0.3675 -0.0384 0.0418 0.4764 -0.0563 0.0901 -4.4694 -4.1746 20.5742
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 494 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A495 - 650 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A651 - 780