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万見
- PDB-8oug: Exo-beta-d-glucosaminidase from Pyrococcus chitonophagus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oug
タイトルExo-beta-d-glucosaminidase from Pyrococcus chitonophagus
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / hyperthermophile (超好熱菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Glycoside hydrolase, family 35 / Class I glutamine amidotransferase-like / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus chitonophagus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rypniewski, W. / Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUM-2017/27/B/NZ1/02201 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Exo-beta-d-glucosaminidase from Pyrococcus chitonophagus
著者: Rypniewski, W. / Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M.
履歴
登録2023年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,91730
ポリマ－91,1441
非ポリマー1,77329
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint73 kcal/mol
Surface area27550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.400, 120.500, 145.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-925-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-galactosidase /


分子量: 91143.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus chitonophagus (古細菌)
遺伝子: A3L04_10820 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A160VTD9
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M SPG buffer pH 8.0, 25% v/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 46003 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 19.43
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Num. unique obs: 7306 / CC1/2: 0.839

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 15.881 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 998 2.2 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.1662 44987 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.13 Å2 / Biso mean: 47.76 Å2 / Biso min: 32.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.2 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6445 0 117 208 6770
Biso mean--68.84 53.59 -
残基数----780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7131.6539075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3351.57214429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1615779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.43122.366372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.441151114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9511539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021472
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 72 -
Rwork0.323 3264 -
all-3336 -
obs--98.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62080.1716-0.11231.2094-0.03261.03420.0123-0.01010.08380.062-0.0117-0.0031-0.2451-0.0215-0.00060.4516-0.0027-0.00210.1901-0.02790.015826.914415.540417.8071
21.34620.40370.17471.40980.17622.97220.0688-0.1201-0.24210.1564-0.0085-0.09240.39940.0816-0.06030.44690.0135-0.0060.17690.01990.052932.4858-18.3620.5834
34.3997-0.2204-1.14841.96330.35312.46590.0420.0978-0.17690.1108-0.15670.3810.0428-0.59020.11470.3675-0.03840.04180.4764-0.05630.0901-4.4694-4.174620.5742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 494
2X-RAY DIFFRACTION2A495 - 650
3X-RAY DIFFRACTION3A651 - 780

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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