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万見
- PDB-8ouc: Escherichia coli DPS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ouc
タイトルEscherichia coli DPS
要素DNA protection during starvation protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to stress / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis ...DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to stress / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA protection during starvation protein, gammaproteobacteria / Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Kovalenko, V.V. / Loiko, N.G. / Tereshkina, K.B. / Tereshkin, E.V. / Chulichkov, A.L. / Popov, A.N. / Krupyanskii, Y.F.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation23-24-00250 ロシア
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Escherichia coli DPS
著者: Kovalenko, V.V. / Loiko, N.G. / Tereshkina, K.B. / Tereshkin, E.V. / Chulichkov, A.L. / Popov, A.N. / Krupyanskii, Y.F.
履歴
登録2023年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: DNA protection during starvation protein
BBB: DNA protection during starvation protein
CCC: DNA protection during starvation protein
DDD: DNA protection during starvation protein
EEE: DNA protection during starvation protein
FFF: DNA protection during starvation protein
GGG: DNA protection during starvation protein
HHH: DNA protection during starvation protein
III: DNA protection during starvation protein
JJJ: DNA protection during starvation protein
KKK: DNA protection during starvation protein
LLL: DNA protection during starvation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,49919
ポリマ－224,64412
非ポリマー8557
水51,4332855
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47780 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area56860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.161, 92.365, 92.391
Angle α, β, γ (deg.)120.117, 98.910, 108.967
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
DNA protection during starvation protein


分子量: 18720.295 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: dps, pexB, vtm, b0812, JW0797
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0ABT2, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2855 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: TRIS-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→80.31 Å / Num. obs: 482862 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 1.2 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 8.69
反射 シェル解像度: 1.37→2.03 Å / Num. unique obs: 284282 / CC1/2: 0.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→46.121 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2061 21618 4.953 %
Rwork0.1872 414841 -
all0.188 --
obs-436459 90.39 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.713 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.248 Å20.68 Å20.46 Å2
2---0.246 Å20.047 Å2
3----0.385 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→46.121 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14950 0 56 2855 17861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.37-1.4060.31115920.30929891X-RAY DIFFRACTION88.1013
1.406-1.4440.32114590.30529336X-RAY DIFFRACTION88.1091
1.444-1.4860.28916050.28428169X-RAY DIFFRACTION88.0549
1.486-1.5320.27614320.26127819X-RAY DIFFRACTION89.1473
1.532-1.5820.27114830.25227217X-RAY DIFFRACTION90.0194
1.582-1.6370.25612650.23226540X-RAY DIFFRACTION90.2145
1.637-1.6990.23913570.21125447X-RAY DIFFRACTION90.149
1.699-1.7680.20613080.19224549X-RAY DIFFRACTION90.16
1.768-1.8470.20412510.18223608X-RAY DIFFRACTION90.3537
1.847-1.9370.20712160.18322321X-RAY DIFFRACTION90.2804
1.937-2.0420.19911800.18921372X-RAY DIFFRACTION90.0819
2.042-2.1660.20310350.18320690X-RAY DIFFRACTION92.1566
2.166-2.3150.1810200.16419597X-RAY DIFFRACTION92.8443
2.315-2.50.1769120.15318275X-RAY DIFFRACTION92.785
2.5-2.7390.1718360.14716641X-RAY DIFFRACTION92.4709
2.739-3.0620.1758700.15214981X-RAY DIFFRACTION92.0446
3.062-3.5340.1536240.14513221X-RAY DIFFRACTION91.4888
3.534-4.3270.1735170.14711395X-RAY DIFFRACTION93.23
4.327-6.110.1994010.1879060X-RAY DIFFRACTION95.5657
6.11-46.1210.2792550.2644715X-RAY DIFFRACTION91.5454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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