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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oua | ||||||
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タイトル | Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11f | ||||||
要素 | (Cereblon isoform ...) x 2 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Cereblon / PROTAC / E3 / molecular glue | ||||||
機能・相同性 | CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / PHOSPHATE ION / Chem-W0Z / Cereblon isoform 4 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Heim, C. / Bischof, L. / Hartmann, M.D. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Leveraging Ligand Affinity and Properties: Discovery of Novel Benzamide-Type Cereblon Binders for the Design of PROTACs. 著者: Steinebach, C. / Bricelj, A. / Murgai, A. / Sosic, I. / Bischof, L. / Ng, Y.L.D. / Heim, C. / Maiwald, S. / Proj, M. / Voget, R. / Feller, F. / Kosmrlj, J. / Sapozhnikova, V. / Schmidt, A. / ...著者: Steinebach, C. / Bricelj, A. / Murgai, A. / Sosic, I. / Bischof, L. / Ng, Y.L.D. / Heim, C. / Maiwald, S. / Proj, M. / Voget, R. / Feller, F. / Kosmrlj, J. / Sapozhnikova, V. / Schmidt, A. / Zuleeg, M.R. / Lemnitzer, P. / Mertins, P. / Hansen, F.K. / Gutschow, M. / Kronke, J. / Hartmann, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oua.cif.gz | 124.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oua.ent.gz | 94.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8oua.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8oua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8oua | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-Cereblon isoform ... , 2種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 11748.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0 #2: タンパク質 | | 分子量: 11805.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0 |
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-非ポリマー , 4種, 84分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.97 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→49.3 Å / Num. obs: 25046 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.62 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Num. unique obs: 3258 / CC1/2: 0.588 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.898 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→49.3 Å
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拘束条件 |
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