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万見
- PDB-8ou9: Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ou9
タイトルCereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11e
要素Cereblon isoform 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cereblon / PROTAC / E3 / molecular glue
機能・相同性CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-W1B / Cereblon isoform 4
機能・相同性情報
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Heim, C. / Bischof, L. / Hartmann, M.D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Leveraging Ligand Affinity and Properties: Discovery of Novel Benzamide-Type Cereblon Binders for the Design of PROTACs.
著者: Steinebach, C. / Bricelj, A. / Murgai, A. / Sosic, I. / Bischof, L. / Ng, Y.L.D. / Heim, C. / Maiwald, S. / Proj, M. / Voget, R. / Feller, F. / Kosmrlj, J. / Sapozhnikova, V. / Schmidt, A. / ...著者: Steinebach, C. / Bricelj, A. / Murgai, A. / Sosic, I. / Bischof, L. / Ng, Y.L.D. / Heim, C. / Maiwald, S. / Proj, M. / Voget, R. / Feller, F. / Kosmrlj, J. / Sapozhnikova, V. / Schmidt, A. / Zuleeg, M.R. / Lemnitzer, P. / Mertins, P. / Hansen, F.K. / Gutschow, M. / Kronke, J. / Hartmann, M.D.
履歴
登録2023年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cereblon isoform 4
B: Cereblon isoform 4
C: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4029
ポリマ－35,4163
非ポリマー9866
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)56.328, 59.739, 88.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
12A
13A

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Component-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPRO19 - 1222 - 105
22ALAALA19 - 1232 - 106
33ALAALA19 - 1232 - 106

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Cereblon isoform 4


分子量: 11805.455 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-W1B / 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-oxidanyl-benzamide


分子量: 263.249 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.28 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.49 Å / Num. obs: 30740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.15 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.33
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique obs: 4878 / CC1/2: 0.569

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→47.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.994 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1538 5.003 %
Rwork0.181 --
obs-30740 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.324 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---1.734 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2301 0 60 89 2450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0112480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.6293392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6891.5634831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9445321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.148.15819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.59810284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9083.4621254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9093.4621254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1826.1681564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1816.171565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7713.7821226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7693.7841227
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7696.7541821
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.7676.7551822
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 112 -
Rwork0.357 2090 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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