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- PDB-8ou8: Crystal structure of E. coli threonyl tRNA synthetase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ou8
タイトルCrystal structure of E. coli threonyl tRNA synthetase in complex with a TM84 analogue
要素Threonine--tRNA ligase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / threonyl tRNA synthetase / e. coli / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / TGS-like ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Beta-grasp domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W0U / Threonine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli IAI1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Rodriguez Buitrago, J.A. / Parisini, E. / Aigars, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Regional Development Fund1.1.1.1/19/A/019European Union
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis and evaluation of an agrocin 84 toxic moiety (TM84) analogue as a malarial threonyl tRNA synthetase inhibitor.
著者: Buitrago, J.A.R. / Leitis, G. / Kanepe-Lapsa, I. / Rudnickiha, A. / Parisini, E. / Jirgensons, A.
履歴
登録2023年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_planes
Item: _pdbx_validate_planes.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Threonine--tRNA ligase
A: Threonine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,27110
ポリマ－95,9972
非ポリマー1,2748
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area30930 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)85.330, 108.950, 113.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 DA

#1: タンパク質 Threonine--tRNA ligase / Threonyl-tRNA synthetase / ThrRS


分子量: 47998.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIG DMS EDO / 由来: (組換発現) Escherichia coli IAI1 (大腸菌) / 遺伝子: thrS, ECIAI1_1775 / プラスミド: pET-28a(+) / 詳細 (発現宿主): NcoI(CCATGG), HindIII(AAGCTT) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: B7M1C7, threonine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 225分子

#2: 化合物 ChemComp-W0U / [(2~{S},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[(2~{S},3~{S})-2-azanyl-3-oxidanyl-butanoyl]phosphonamidic acid


分子量: 431.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N7O7P
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.763131 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 12% (w/v) PEG 4000, 21% (v/v) MPD, and 0.1 M sodium citrate
PH範囲: 5.0 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→78.75 Å / Num. obs: 45827 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.258 Å / Num. unique obs: 485405 / CC1/2: 0.996 / % possible all: 48

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC5.8.0352data processing
xia2.multiplexv1.0データ削減
Aimlessv1.0データスケーリング
PHASERv1.0位相決定
REFMACV1.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→78.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.606 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2397 5.2 %RANDOM
Rwork0.18892 ---
obs0.216 43429 68.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å2-0 Å20 Å2
2--0.18 Å2-0 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→78.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6560 0 39 217 6816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0126755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.6469097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5221.55614167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7755799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.0561062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.127101221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5114.1833196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5114.1823196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9276.2753992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9266.2783993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4194.5653559
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4184.5663560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4246.675105
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.62552.5187679
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.58952.4997661
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.051→2.104 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 8 -
Rwork0.259 170 -
obs--36.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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