PDB-8ou7: Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ou7

タイトル

Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11d

要素

Cereblon isoform 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Cereblon / PROTAC / E3 / molecular glue

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-W1F / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Heim, C. / Bischof, L. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Leveraging Ligand Affinity and Properties: Discovery of Novel Benzamide-Type Cereblon Binders for the Design of PROTACs.
著者: Steinebach, C. / Bricelj, A. / Murgai, A. / Sosic, I. / Bischof, L. / Ng, Y.L.D. / Heim, C. / Maiwald, S. / Proj, M. / Voget, R. / Feller, F. / Kosmrlj, J. / Sapozhnikova, V. / Schmidt, A. / ...

履歴

登録	2023年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ou7.cif.gz	131.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ou7.ent.gz	98.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ou7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ou7_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ou7_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ou7_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	8ou7_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ou3C 8ou4C 8ou5C 8ou6C 8ou9C 8ouaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

41.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.409, 59.548, 88.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 20 - 123 / Label seq-ID: 20 - 123

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 分子量: 13632.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-W1F / 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-methoxy-benzamide 分子量: 277.276 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₅N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.25 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.554 Å / Num. obs: 33503 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 12.85 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.74
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / Num. unique obs: 5334 / CC_1/2: 0.619

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→47.554 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.622 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2237	1676	5.008 %
R_work	0.1762	31789	-
all	0.179	-	-
obs	-	33465	99.985 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.229 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.488 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.259 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2295	0	63	85	2443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.011	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.809	1.632	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.653	1.569	4916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.313	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.029	7.5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.218	10	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.567	10	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.739	10	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.11	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.781	3.779	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.782	3.779	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.838	6.737	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.836	6.74	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.093	4.226	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.091	4.227	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.346	7.54	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.344	7.54	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.901	42.119	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.9	41.965	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.124	0.05	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.115	0.05	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.123	0.05	2421

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12434	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12434	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11533	0.05007
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11533	0.05007
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12308	0.05007
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12308	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.331	124	0.333	2326	0.333	2450	0.838	0.821	100	0.335
1.744-1.792	0.302	116	0.272	2218	0.274	2334	0.925	0.939	100	0.26
1.792-1.844	0.274	115	0.236	2191	0.238	2306	0.942	0.958	100	0.214
1.844-1.9	0.256	114	0.211	2151	0.213	2265	0.956	0.969	100	0.185
1.9-1.963	0.249	112	0.193	2059	0.196	2171	0.963	0.974	100	0.165
1.963-2.031	0.216	103	0.166	2011	0.168	2114	0.972	0.981	100	0.14
2.031-2.108	0.188	104	0.156	1942	0.158	2046	0.977	0.984	100	0.132
2.108-2.194	0.19	99	0.149	1859	0.151	1958	0.978	0.986	100	0.127
2.194-2.291	0.174	92	0.136	1804	0.138	1896	0.982	0.988	100	0.117
2.291-2.403	0.196	90	0.141	1727	0.144	1817	0.976	0.988	100	0.124
2.403-2.532	0.211	86	0.169	1622	0.172	1708	0.974	0.984	100	0.151
2.532-2.685	0.239	83	0.181	1572	0.184	1655	0.965	0.981	100	0.165
2.685-2.87	0.2	77	0.166	1469	0.167	1546	0.978	0.983	100	0.156
2.87-3.099	0.215	74	0.16	1363	0.162	1437	0.968	0.983	100	0.157
3.099-3.393	0.219	66	0.167	1266	0.17	1332	0.971	0.983	100	0.176
3.393-3.792	0.192	60	0.163	1156	0.165	1216	0.979	0.984	100	0.176
3.792-4.374	0.172	55	0.153	1035	0.153	1090	0.98	0.986	100	0.173
4.374-5.345	0.269	46	0.161	879	0.166	926	0.969	0.984	99.892	0.191
5.345-7.512	0.3	37	0.245	712	0.248	750	0.957	0.966	99.8667	0.285
7.512-47.554	0.29	23	0.233	422	0.235	447	0.957	0.964	99.5526	0.284

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