PDB-8ou5: Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ou5

タイトル

Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11b

要素

Cereblon isoform 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Cereblon / PROTAC / E3 / molecular glue

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-W1X / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Heim, C. / Bischof, L. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Leveraging Ligand Affinity and Properties: Discovery of Novel Benzamide-Type Cereblon Binders for the Design of PROTACs.
著者: Steinebach, C. / Bricelj, A. / Murgai, A. / Sosic, I. / Bischof, L. / Ng, Y.L.D. / Heim, C. / Maiwald, S. / Proj, M. / Voget, R. / Feller, F. / Kosmrlj, J. / Sapozhnikova, V. / Schmidt, A. / ...

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ou5.cif.gz	293.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ou5.ent.gz	182.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ou5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ou5_validation.pdf.gz	963.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ou5_full_validation.pdf.gz	975 KB	表示
XML形式データ	8ou5_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	8ou5_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ou3C 8ou4C 8ou6C 8ou7C 8ou9C 8ouaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

41.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.839, 59.572, 88.484
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	20 - 123	21 - 124
2	1	1	ALA	ALA	20 - 123	21 - 124
3	2	2	PRO	PRO	20 - 122	21 - 123
4	2	2	PRO	PRO	20 - 122	21 - 123
5	3	3	PRO	PRO	20 - 122	21 - 123
6	3	3	PRO	PRO	20 - 122	21 - 123

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 分子量: 13703.577 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-W1X / 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-(trifluoromethyl)benzamide 分子量: 315.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂F₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.49 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.42 Å / Num. obs: 13895 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.48
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 2193 / CC_1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→49.416 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 20.037 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.248 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2533	693	4.99 %
R_work	0.2045	13196	-
all	0.207	-	-
obs	-	13889	99.993 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.484 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.099 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.533 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.434 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2221	0	47	24	2292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.011	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.958	1.631	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.373	1.57	4669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.512	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.631	6.6	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.034	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.488	10	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.591	10	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.14	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.131	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.387	3.732	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.386	3.733	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.317	6.703	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.316	6.704	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.877	3.941	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.876	3.942	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.206	7.16	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.205	7.16	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.99	39.341	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.989	39.342	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	3047
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.106	0.05	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.11	0.05	2056

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0774	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0774	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10628	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10628	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11035	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11035	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.422	47	0.317	957	0.322	1004	0.903	0.921	100	0.305
2.36-2.424	0.299	49	0.296	926	0.296	975	0.925	0.93	100	0.276
2.424-2.494	0.341	43	0.295	910	0.297	953	0.923	0.936	100	0.273
2.494-2.571	0.39	52	0.296	890	0.301	942	0.937	0.94	100	0.277
2.571-2.655	0.292	45	0.271	842	0.272	887	0.942	0.952	100	0.24
2.655-2.748	0.282	44	0.26	837	0.261	881	0.954	0.955	100	0.224
2.748-2.851	0.256	44	0.218	796	0.22	840	0.96	0.967	100	0.178
2.851-2.967	0.23	39	0.2	769	0.201	808	0.969	0.974	100	0.17
2.967-3.099	0.288	37	0.183	747	0.188	784	0.955	0.978	100	0.157
3.099-3.249	0.206	39	0.18	701	0.181	740	0.969	0.98	100	0.158
3.249-3.424	0.193	36	0.177	679	0.178	715	0.982	0.981	100	0.158
3.424-3.631	0.214	34	0.178	649	0.18	683	0.972	0.982	100	0.166
3.631-3.88	0.257	33	0.185	613	0.189	646	0.961	0.981	100	0.176
3.88-4.189	0.173	29	0.17	569	0.17	598	0.979	0.984	100	0.166
4.189-4.585	0.247	29	0.155	537	0.16	566	0.971	0.986	100	0.16
4.585-5.121	0.256	25	0.156	477	0.159	502	0.968	0.984	100	0.166
5.121-5.902	0.202	23	0.237	435	0.235	458	0.98	0.97	100	0.244
5.902-7.203	0.292	19	0.261	372	0.263	391	0.95	0.963	100	0.267
7.203-10.081	0.437	16	0.225	299	0.232	315	0.928	0.969	100	0.246
10.081-49.416	0.238	10	0.245	189	0.245	200	0.966	0.96	99.5	0.294

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4437	-0.0423	0.9468	3.245	1.7315	5.4345	0.0136	0.0513	-0.3303	-0.1818	-0.0521	0.0449	0.0638	-0.0126	0.0386	0.1021	0.02	-0.0285	0.1741	-0.0229	0.0764	19.0971	17.9283	1.8286
2	4.5128	-1.089	0.7198	4.0831	-0.6999	2.6279	-0.0739	-0.0588	-0.0449	-0.0104	0.1092	0.042	-0.0274	0.085	-0.0352	0.1192	0.0019	0.0096	0.1331	0.0129	0.0028	31.9952	7.5005	24.0115
3	4.5416	1.9678	1.1202	3.9841	-0.1282	2.5907	0.094	-0.1649	-0.2234	-0.1007	0.0386	0.6847	0.2152	-0.659	-0.1325	0.4018	-0.0235	0.1106	0.5574	0.0575	0.4216	30.0653	-5.877	-6.8767

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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