PDB-8ou4: Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ou4

タイトル

Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11a

要素

Cereblon isoform 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Cereblon / PROTAC / E3 / molecular glue

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-W2F / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Heim, C. / Bischof, L. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Leveraging Ligand Affinity and Properties: Discovery of Novel Benzamide-Type Cereblon Binders for the Design of PROTACs.
著者: Steinebach, C. / Bricelj, A. / Murgai, A. / Sosic, I. / Bischof, L. / Ng, Y.L.D. / Heim, C. / Maiwald, S. / Proj, M. / Voget, R. / Feller, F. / Kosmrlj, J. / Sapozhnikova, V. / Schmidt, A. / ...

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ou4.cif.gz	286.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ou4.ent.gz	176.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ou4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ou4_validation.pdf.gz	852.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ou4_full_validation.pdf.gz	854.7 KB	表示
XML形式データ	8ou4_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	8ou4_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ou3C 8ou5C 8ou6C 8ou7C 8ou9C 8ouaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

41.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.511, 59.542, 88.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	PRO	PRO	20 - 122	21 - 123
2	1	1	SER	SER	PRO	PRO	20 - 122	21 - 123
3	2	2	ALA	ALA	ALA	ALA	19 - 123	20 - 124
4	2	2	ALA	ALA	ALA	ALA	19 - 123	20 - 124
5	3	3	SER	SER	ALA	ALA	20 - 123	21 - 124
6	3	3	SER	SER	ALA	ALA	20 - 123	21 - 124

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 分子量: 13703.577 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-W2F / 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-chloranyl-benzamide 分子量: 281.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂ClN₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.83 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→47.58 Å / Num. obs: 14648 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.68
反射シェル	解像度: 2.25→2.331 Å / Num. unique obs: 2311 / CC_1/2: 0.631

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→47.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 19.827 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.248 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	731	4.991 %
R_work	0.2218	13915	-
all	0.224	-	-
obs	-	14646	99.857 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.339 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.241 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.147 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.094 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2185	0	41	18	2244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.011	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.758	1.636	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.309	1.57	4519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.003	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.687	7.105	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.028	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.903	10	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.06	10	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.159	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.175	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.146	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.068	4.288	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.068	4.288	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.826	7.694	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.826	7.695	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.379	4.345	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.379	4.346	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.297	7.961	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.296	7.961	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.768	47.293	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.767	47.293	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.078	0.05	3050
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.067	0.05	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.074	0.05	2130

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0781	0.05011
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0781	0.05011
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06731	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06731	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07448	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07448	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.25-2.309	0.396	49	0.336	996	0.339	1052	0.873	0.91	99.3346	0.335
2.309-2.372	0.301	53	0.287	996	0.288	1049	0.929	0.934	100	0.279
2.372-2.44	0.27	51	0.267	943	0.268	997	0.95	0.948	99.6991	0.251
2.44-2.515	0.319	49	0.269	928	0.272	980	0.926	0.948	99.6939	0.255
2.515-2.597	0.285	47	0.281	917	0.281	966	0.943	0.944	99.793	0.251
2.597-2.688	0.258	46	0.247	872	0.248	918	0.957	0.958	100	0.219
2.688-2.789	0.269	44	0.228	825	0.23	871	0.953	0.963	99.7704	0.2
2.789-2.903	0.314	43	0.219	816	0.224	860	0.947	0.968	99.8837	0.196
2.903-3.031	0.275	42	0.217	790	0.219	833	0.951	0.969	99.88	0.19
3.031-3.179	0.261	40	0.206	759	0.209	799	0.956	0.973	100	0.189
3.179-3.35	0.258	39	0.207	713	0.21	752	0.96	0.972	100	0.19
3.35-3.552	0.225	34	0.19	689	0.192	723	0.966	0.976	100	0.178
3.552-3.796	0.256	36	0.2	636	0.203	672	0.961	0.975	100	0.191
3.796-4.098	0.189	30	0.177	603	0.178	633	0.975	0.98	100	0.18
4.098-4.485	0.249	29	0.176	550	0.179	580	0.964	0.98	99.8276	0.182
4.485-5.009	0.282	26	0.176	521	0.18	547	0.956	0.979	100	0.191
5.009-5.774	0.226	25	0.256	452	0.255	477	0.974	0.963	100	0.276
5.774-7.045	0.357	20	0.292	393	0.295	413	0.923	0.953	100	0.306
7.045-9.856	0.316	17	0.232	318	0.235	335	0.938	0.964	100	0.264
9.856-47.58	0.303	11	0.283	198	0.284	209	0.935	0.943	100	0.331

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.167	0.1366	1.6193	2.8823	1.581	5.4579	0.0735	0.1313	-0.2979	-0.1575	-0.0267	0.1048	0.2073	0.0773	-0.0468	0.0339	0.0188	-0.0149	0.033	-0.0166	0.0431	18.9946	17.8382	1.8735
2	4.4883	-0.6716	0.315	3.8461	-0.9818	2.5151	-0.0321	-0.0118	0.0273	0.0454	0.0484	0.0004	0.0007	0.0876	-0.0163	0.0247	-0.0053	0.0027	0.0147	0.0033	0.0037	31.8221	7.643	23.8906
3	3.4311	1.6769	2.024	4.1287	-0.1857	4.5312	0.0419	-0.1186	-0.2556	-0.0604	0.0121	0.5815	0.3417	-0.684	-0.054	0.2601	-0.0627	0.0808	0.3739	0.0131	0.3426	29.7768	-6.1287	-7.3215

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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