PDB-8ou3: Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ou3

タイトル

Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 8d

要素

Cereblon isoform 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Cereblon / PROTAC / E3 / molecular glue

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / S-Thalidomide / PHOSPHATE ION / Chem-W1T / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Heim, C. / Bischof, L. / Maiwald, S. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Leveraging Ligand Affinity and Properties: Discovery of Novel Benzamide-Type Cereblon Binders for the Design of PROTACs.
著者: Steinebach, C. / Bricelj, A. / Murgai, A. / Sosic, I. / Bischof, L. / Ng, Y.L.D. / Heim, C. / Maiwald, S. / Proj, M. / Voget, R. / Feller, F. / Kosmrlj, J. / Sapozhnikova, V. / Schmidt, A. / ...

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ou3.cif.gz	81.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ou3.ent.gz	55.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ou3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ou3_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ou3_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ou3_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	8ou3_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ou4C 8ou5C 8ou6C 8ou7C 8ou9C 8ouaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

42.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.793, 59.519, 88.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 分子量: 13703.577 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0

-
非ポリマー , 5種, 119分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EF2 / S-Thalidomide / (S)-サリドマイド分子量: 258.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-W1T / 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-fluoranyl-benzamide 分子量: 265.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂FN₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.12 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→49.33 Å / Num. obs: 51535 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.28
反射シェル	解像度: 1.47→1.523 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 8199 / CC_1/2: 0.664

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.47→49.327 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	2577	5 %
R_work	0.2147	48958	-
all	0.216	-	-
obs	-	51535	99.973 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.333 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.354 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.493 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.139 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→49.327 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2254	0	75	110	2439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.628	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.619	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.227	5.741	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.461	10	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	19.404	10	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.114	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.3	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.072	2.999	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.089	5.376	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.462	3.339	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.28	6.003	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.414	38.406	3578

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.47-1.508	0.383	186	0.357	3544	0.359	3736	0.866	0.897	99.8394	0.35
1.508-1.549	0.334	185	0.327	3489	0.327	3674	0.92	0.917	100	0.31
1.549-1.594	0.279	172	0.284	3385	0.284	3557	0.942	0.94	100	0.257
1.594-1.643	0.297	178	0.264	3289	0.265	3467	0.933	0.95	100	0.232
1.643-1.697	0.243	171	0.244	3187	0.244	3358	0.957	0.96	100	0.21
1.697-1.757	0.261	165	0.218	3100	0.22	3265	0.954	0.968	100	0.184
1.757-1.823	0.227	159	0.213	2986	0.213	3145	0.969	0.97	100	0.18
1.823-1.897	0.215	148	0.205	2896	0.206	3044	0.968	0.973	100	0.174
1.897-1.981	0.214	142	0.193	2769	0.194	2911	0.971	0.976	100	0.169
1.981-2.078	0.21	139	0.2	2645	0.201	2784	0.97	0.975	100	0.181
2.078-2.19	0.237	137	0.203	2532	0.205	2669	0.966	0.976	100	0.189
2.19-2.323	0.216	123	0.198	2402	0.199	2525	0.973	0.976	100	0.187
2.323-2.483	0.23	116	0.197	2265	0.199	2381	0.968	0.976	100	0.19
2.483-2.681	0.248	116	0.223	2101	0.224	2217	0.961	0.969	100	0.218
2.681-2.936	0.222	100	0.222	1958	0.222	2058	0.972	0.97	100	0.227
2.936-3.281	0.272	93	0.21	1763	0.212	1856	0.956	0.972	100	0.224
3.281-3.786	0.194	87	0.201	1586	0.201	1673	0.977	0.975	100	0.23
3.786-4.63	0.206	70	0.179	1355	0.18	1425	0.975	0.979	100	0.214
4.63-6.519	0.277	56	0.23	1063	0.232	1119	0.964	0.97	100	0.288
6.519-49.327	0.315	34	0.272	643	0.274	685	0.918	0.957	98.8321	0.36

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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