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- PDB-8ou1: Crystal structure of the SPOC domain of mouse SPOCD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ou1
タイトルCrystal structure of the SPOC domain of mouse SPOCD1
要素SPOC domain-containing protein 1
キーワードGENE REGULATION / piRNA PIWI DNA methylation Germline
機能・相同性
機能・相同性情報


: / retrotransposon silencing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / chromosome / spermatogenesis / cell differentiation / DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / SPOC domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Heep, M. / Cook, A.G. / O'Carroll, D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust106144 英国
Wellcome Trust200898 英国
Wellcome Trust203149 英国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: C19ORF84 connects piRNA and DNA methylation machineries to defend the mammalian germ line.
著者: Zoch, A. / Konieczny, G. / Auchynnikava, T. / Stallmeyer, B. / Rotte, N. / Heep, M. / Berrens, R.V. / Schito, M. / Kabayama, Y. / Schopp, T. / Kliesch, S. / Houston, B. / Nagirnaja, L. / ...著者: Zoch, A. / Konieczny, G. / Auchynnikava, T. / Stallmeyer, B. / Rotte, N. / Heep, M. / Berrens, R.V. / Schito, M. / Kabayama, Y. / Schopp, T. / Kliesch, S. / Houston, B. / Nagirnaja, L. / O'Bryan, M.K. / Aston, K.I. / Conrad, D.F. / Rappsilber, J. / Allshire, R.C. / Cook, A.G. / Tuttelmann, F. / O'Carroll, D.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPOC domain-containing protein 1
B: SPOC domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9113
ポリマ－32,7222
非ポリマー1891
水4,648258
1
A: SPOC domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5502
ポリマ－16,3611
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SPOC domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3611
ポリマ－16,3611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.520, 56.624, 97.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 685 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 685 through 690 or resid 692...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPGLYA1 - 6
d_12ens_1LEUHISA8 - 26
d_13ens_1CYSMETA28 - 56
d_14ens_1SERILEA59 - 64
d_15ens_1VALLEUA66 - 69
d_16ens_1PROGLYA71 - 73
d_17ens_1ARGGLYA75 - 125
d_18ens_1GLUASPA127 - 142
d_21ens_1ASPGLYD2 - 7
d_22ens_1LEUHISD9 - 27
d_23ens_1CYSILED29 - 63
d_24ens_1VALLEUD65 - 68
d_25ens_1PROGLYD70 - 72
d_26ens_1ARGGLYD74 - 124
d_27ens_1GLUASPD126 - 141

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要素

#1: タンパク質 SPOC domain-containing protein 1


分子量: 16361.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Spocd1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1ASB6
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.6M Ammonium citrate tribasic, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→54.52 Å / Num. obs: 33752 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 24.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.7-1.793.42.147990.8020.2660.5130.43598.7
1.79-1.94.946440.910.1580.3510.31299.9
1.9-2.035.243700.9590.1070.2430.217100
2.03-2.19540710.9820.0710.160.143100
2.19-2.44.937400.9890.0550.1240.11199.8
2.4-2.695.234230.9930.040.0920.08399.9
2.69-3.1530260.9960.0290.0650.05899.9
3.1-3.84.825030.9980.0190.0430.03996.2
3.8-5.384.919710.9990.0150.0330.0396
5.38-54.524.512050.9990.0140.030.02799.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROC1.0.5data processing
XDSMarch 15, 2019 (built 20191211)データ削減
pointless1.11.21データスケーリング
Aimless0.7.4データスケーリング
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→47.6 Å / SU ML: 0.2412 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.5587
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 1677 4.98 %
Rwork0.2013 32000 -
obs0.2031 33677 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 0 13 258 2444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00672285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03713131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0566362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6117321
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.962967238805 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.37041440.34722571X-RAY DIFFRACTION97.28
1.75-1.810.3271250.2992645X-RAY DIFFRACTION99.5
1.81-1.870.2891320.2522670X-RAY DIFFRACTION99.79
1.87-1.950.29951160.22972669X-RAY DIFFRACTION99.89
1.95-2.030.26741370.21782650X-RAY DIFFRACTION99.86
2.03-2.140.23751420.22552656X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.280.24131770.21962652X-RAY DIFFRACTION99.68
2.28-2.450.28541530.19872660X-RAY DIFFRACTION99.65
2.45-2.70.25751180.212698X-RAY DIFFRACTION99.89
2.7-3.090.23871600.20562670X-RAY DIFFRACTION99.75
3.09-3.880.21511150.17332660X-RAY DIFFRACTION96.56
3.91-47.60.19671580.17522799X-RAY DIFFRACTION99.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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