PDB-8oty: Crystal structure of the titin domain Fn3-90

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oty

タイトル

Crystal structure of the titin domain Fn3-90

要素

Titin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Titin Fibronectin type III A-band STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Nikoopour, R. / Rees, M. / Gautel, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structure determination and analysis of titin A-band fibronectin type III domains provides insights for disease-linked variants and protein oligomerisation.
著者: Rees, M. / Nikoopour, R. / Alexandrovich, A. / Pfuhl, M. / Lopes, L.R. / Akhtar, M.M. / Syrris, P. / Elliott, P. / Carr-White, G. / Gautel, M.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oty.cif.gz	294.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oty.ent.gz	200.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8oty_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oty_full_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示
XML形式データ	8oty_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	8oty_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8oty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8oty	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8oiyC 8omwC 8oq9C 8orlC 8os3C 8osdC 8ot5C 4o00 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (11) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Titin

B: Titin

C: Titin

D: Titin

45.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Titin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
11.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Titin

登録者が定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Titin

登録者が定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Titin

登録者が定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	25.080, 137.461, 51.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.020, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14 分子量: 11480.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30mM HEPES pH 7.5 150mM NaCl 1mM DTT 100mM Sodium acetate 200mM CaCl 20% w/v PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→28.32 Å / Num. obs: 25557 / % possible obs: 96.88 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.58 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.08891 / Net I/σ(I): 6.15
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.4023 / Num. unique obs: 2190 / CC_1/2: 0.778

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→28.32 Å / SU ML: 0.2476 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.9301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2508	2410	9.43 %
R_work	0.2009	23135	-
obs	0.2056	25545	96.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3145	0	0	277	3422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	3222
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6221	4394
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0514	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2775	1220

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.3171	115	0.3045	1056	X-RAY DIFFRACTION	76.89
1.94-1.99	0.3329	135	0.2714	1345	X-RAY DIFFRACTION	96.1
1.99-2.03	0.2839	133	0.2434	1330	X-RAY DIFFRACTION	95.25
2.03-2.08	0.2956	147	0.2274	1369	X-RAY DIFFRACTION	96.07
2.08-2.14	0.3031	132	0.229	1327	X-RAY DIFFRACTION	96.88
2.14-2.2	0.282	139	0.2302	1369	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.2-2.27	0.2889	149	0.2178	1402	X-RAY DIFFRACTION	97.36
2.27-2.35	0.291	138	0.2199	1381	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.35-2.45	0.2997	143	0.2253	1376	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.45-2.56	0.2807	151	0.2315	1378	X-RAY DIFFRACTION	98.33
2.56-2.69	0.2929	148	0.222	1391	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.69-2.86	0.2991	145	0.2256	1412	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.86-3.08	0.2553	143	0.2073	1396	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.08-3.39	0.2335	151	0.1885	1367	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.39-3.88	0.2093	148	0.1746	1399	X-RAY DIFFRACTION	99.36
3.88-4.89	0.2008	148	0.147	1421	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.89-28.32	0.2046	145	0.1802	1416	X-RAY DIFFRACTION	99.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.81270941033	-2.01102438094	2.44851907517	3.0991051709	-0.255424467655	6.8776795299	0.18370891535	0.201645712247	-0.193085453478	-0.000804938834463	-0.0193763603906	0.182089028628	0.595433668943	0.691274529193	0.0229731801244	0.201986749809	0.0239487826093	0.0354299515879	0.185172386087	-0.0445872058222	0.251102272825	-7.23376806926	-42.5166838938	13.3525780984
2	2.50644367038	-2.76709544777	1.96214630474	3.61159682274	-2.41725045785	1.79682011927	0.458220904122	0.438447022082	-0.453331540957	-0.265466807892	-0.540267129622	1.0925928671	-0.0412424413022	0.483049575034	0.0610138330411	0.189128892217	0.050496369825	0.0521008203942	0.290781391916	-0.0661738476387	0.270675417959	-23.1832832992	-35.23914248	1.81243972271
3	2.34361918953	-2.59502906665	2.82798380852	2.92695666039	-2.00735123236	1.7792544448	0.177902666101	-0.14167135729	-0.0964867452983	-0.416401764768	0.223150744693	0.298043964259	0.305827142152	-0.325199040135	-0.320281518085	0.152607084188	-0.0222271433544	0.0348372010994	0.193345487967	0.00395052289253	0.252245275994	-16.9614956751	-39.3846087207	11.2408447096
4	0.901484395493	1.37749262285	-0.112729440804	5.05034368985	-2.62738197378	3.77837230413	0.0129071877296	0.00758869567248	0.0161663175709	-0.0354658349377	-0.0896661347508	0.221870200693	-0.353532628607	0.185176982245	0.0935095680866	0.132435997341	0.0311365569223	0.00118935021171	0.209736274461	0.00116797887396	0.160319108652	-12.9465501598	-25.8184862315	11.2144997174
5	0.847154208287	-1.38990071381	0.993014155289	3.96757070395	-2.22638289529	2.82714097272	-0.0555594523055	0.0134349941909	-0.0573484854766	0.143555044284	0.022699230042	0.143173348651	-0.187232368949	-0.123805940612	0.00192111893528	0.162305714801	0.00228004355877	0.0427800638149	0.182337320666	-0.0201984255897	0.13256045871	-19.3835235175	-29.9886369157	11.3974867148
6	3.3146739538	-0.905719510311	0.892452741888	4.47468330183	-0.327534861989	1.38267574287	-0.100389741686	0.0574750425988	0.169374721218	1.12481307831	-0.421651655697	-0.634971400237	-0.894394199662	1.12151733462	-0.0499673333919	0.124287746116	-0.0505341112736	0.110828171005	0.12601950395	-0.0124610236425	0.194356698181	-7.31477283017	-38.5085402081	17.5285661637
7	5.89580864467	-0.871299543814	1.59658768557	2.27843139548	-1.48382687838	3.55400889863	-0.162127439374	1.21372520741	-0.0800081470246	-0.248559881377	-0.0791993325257	-0.0338854937595	0.494447649087	0.0650927035152	0.105070172486	0.326388203406	-0.0218200779403	0.0866404937884	0.242413207649	-0.0140443975994	0.170041636288	-20.5123937981	-26.1866126772	-1.20530804552
8	1.42656683605	0.617423249858	0.785883022623	1.48058674104	0.786795124866	2.60603939303	0.349658913447	0.221197163193	0.0798649806413	-0.347655658744	0.0849442414537	1.04692798618	0.892038751796	0.164079154434	0.85307820282	0.288690908233	0.0616421881939	-0.0449152668108	0.0839540514714	-0.0543235801271	0.257224669691	-18.8700136143	-8.4191902602	4.55395465221
9	1.3727295389	-1.78874938726	-0.358978430994	3.87461589444	-0.213498892787	3.13497178422	0.0279288343962	-0.111726446414	0.195067287601	0.513402173368	0.284887180995	-0.779226361125	-0.734505722494	0.202390468907	0.0624870667428	0.218367050265	-0.104031343984	0.100824193037	0.22830382697	0.00364963269696	0.172390238333	-12.0865375741	5.86037312375	17.4486127442
10	2.35043706747	1.95905860786	0.355126466858	4.25325229626	0.0243762395368	3.09115440646	0.0250125399834	0.316535690868	-0.389844360723	0.0401965746642	0.136127796477	-0.422947128988	0.138320682741	-0.267795948354	-0.159531683992	0.186521253056	0.0196665572931	0.0568177817899	0.287077372003	0.0196060702592	0.210238053051	-13.268552224	-10.8051586929	2.89397252884
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17	17	chain 'C' and (resid 13 through 17 )	C	C	13 - 17	12 - 16
18	18	chain 'C' and (resid 18 through 25 )	C	C	18 - 25	17 - 24
19	19	chain 'C' and (resid 26 through 38 )	C	C	26 - 38	25 - 37
20	20	chain 'C' and (resid 39 through 46 )	C	C	39 - 46	38 - 45
21	21	chain 'C' and (resid 47 through 52 )	C	C	47 - 52	46 - 51
22	22	chain 'C' and (resid 53 through 82 )	C	C	53 - 82	52 - 81
23	23	chain 'C' and (resid 83 through 103 )	C	C	83 - 103	82 - 102
24	24	chain 'D' and (resid 4 through 12 )	D	D	4 - 12	1 - 9
25	25	chain 'D' and (resid 13 through 25 )	D	D	13 - 25	10 - 22
26	26	chain 'D' and (resid 26 through 38 )	D	D	26 - 38	23 - 35
27	27	chain 'D' and (resid 39 through 62 )	D	D	39 - 62	36 - 59
28	28	chain 'D' and (resid 63 through 82 )	D	D	63 - 82	60 - 79
29	29	chain 'D' and (resid 83 through 97 )	D	D	83 - 97	80 - 94
30	30	chain 'D' and (resid 98 through 103 )	D	D	98 - 103	95 - 100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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