PDB-8otv: Crystal structure of NUDT14 complexed with novel compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8otv

タイトル

Crystal structure of NUDT14 complexed with novel compound

要素

Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT14

キーワード

HYDROLASE / HYDROLASE INHIBITOR / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of dolichyl-phosphate-glucose / UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / protein N-linked glycosylation via asparagine / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Balikci, E. / Feyerherm, C. / Bradshaw, W. / Seupel, R. / Brennan, P.E. / Bountra, C. / von Delft, F. / Huber, K. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Unexpected Noncovalent Off-Target Activity of Clinical BTK Inhibitors Leads to Discovery of a Dual NUDT5/14 Antagonist.
著者: Balikci, E. / Marques, A.M.C. / Bauer, L.G. / Seupel, R. / Bennett, J. / Raux, B. / Buchan, K. / Simelis, K. / Singh, U. / Rogers, C. / Ward, J. / Cheng, C. / Szommer, T. / Schutzenhofer, K. ...

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8otv.cif.gz	183.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8otv.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8otv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8otv_validation.pdf.gz	1015.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8otv_full_validation.pdf.gz	1017 KB	表示
XML形式データ	8otv_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	8otv_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8otv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8otv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rdzC 8riyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT14

B: Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT14

ヘテロ分子

49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.250, 90.967, 108.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT14 / UDPG pyrophosphatase / UGPPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 14 / Nudix motif 14 分子量: 24228.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CN(CC1)CCC1N2C3=NC=NC(N)=C3C(C4=CC=C(OC5=CC=CC=C5)C=C4)=N2 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT14, UGPP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O95848, UDP-sugar diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-W0O / 1-(1-methylpiperidin-4-yl)-3-(4-phenoxyphenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 400.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→54.05 Å / Num. obs: 556903 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / Num. unique obs: 17936 / CC_1/2: 0.295

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Aimless		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82→54.05 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	1974	4.36 %
R_work	0.2061	-	-
obs	0.2075	45224	98.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→54.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3212	0	65	216	3493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.748	4572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.865	519
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	589

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.87	0.4223	112	0.4304	2385	X-RAY DIFFRACTION	77
1.87-1.92	0.4241	134	0.3851	2967	X-RAY DIFFRACTION	96
1.92-1.97	0.3597	143	0.3324	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.04	0.2704	141	0.2894	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.11	0.3209	142	0.2603	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.19	0.2593	142	0.2598	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.29	0.241	142	0.2205	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.41	0.2516	143	0.2113	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.56	0.2478	144	0.221	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.76	0.2554	143	0.2246	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.04	0.2614	144	0.2256	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.48	0.2328	145	0.2	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-4.39	0.2142	146	0.1667	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-54.05	0.1985	153	0.1685	3366	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7647	-3.6685	-1.8151	4.8797	1.3489	2.7122	0.0143	0.0386	0.2761	0.1167	-0.0355	0.0876	-0.0485	0.1725	0.0405	0.2427	-0.0425	-0.0326	0.2333	0.0029	0.2379	-4.2471	18.8056	-15.3149
2	3.427	0.9956	1.4673	3.598	1.8953	2.1822	0.0059	-0.0718	-0.1109	0.3176	0.0549	-0.2916	0.3268	0.1763	-0.0749	0.3356	0.051	0.0039	0.2867	0.0369	0.1876	-2.1891	-2.2225	-21.5896
3	4.7324	2.6682	-3.5269	3.3353	-0.1613	4.7801	0.3768	0.5395	0.6917	0.5847	0.8668	-0.2145	0.0481	2.0863	-1.2009	0.6746	-0.0063	-0.164	0.6465	-0.1056	0.6319	12.1633	14.6703	-7.6102
4	5.0932	0.5052	2.9429	3.0745	1.6282	3.1866	-0.0965	0.1438	0.3423	-0.0093	0.0732	-0.5095	0.0606	0.4839	0.0175	0.2457	0.0622	0.0045	0.3983	-0.0199	0.3431	3.7486	6.2477	-21.2751
5	1.8971	-0.4711	-0.921	2.9858	0.8457	2.9417	-0.0392	0.0796	-0.1251	0.0953	0.0133	-0.0346	0.277	0.0877	0.0263	0.2777	0.0495	-0.0396	0.2692	-0.0112	0.2064	-10.4526	-5.4687	-25.9757
6	1.0884	0.5991	0.0429	1.3033	-0.3058	1.0648	0.0758	0.027	0.1023	0.1002	-0.0095	0.0603	-0.1572	0.0887	-0.0637	0.2982	0.0028	-0.0238	0.2595	-0.0229	0.2529	-9.7456	12.8103	-12.6869
7	1.7358	-0.0997	0.1175	1.6256	-0.35	1.8856	-0.095	-0.0346	0.1439	0.1437	0.0486	-0.0637	-0.1872	0.2442	0.0481	0.3678	-0.0356	-0.0344	0.2994	-0.0123	0.2576	-12.9651	9.6559	-6.437
8	4.6571	-1.1818	-0.5713	2.27	0.494	4.2435	0.0907	0.1431	-0.303	-0.0367	-0.1529	0.2976	-0.1623	-0.4008	0.0649	0.3632	0.0255	-0.0275	0.2333	-0.035	0.261	-22.2923	-0.5143	-5.8318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 39 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 74 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 84 through 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 115 through 220 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1 through 73 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 74 through 150 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 151 through 219 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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