PDB-8otu: The crystal structure of PET44, a PETase enzyme from Alkalilimnic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8otu

タイトル

The crystal structure of PET44, a PETase enzyme from Alkalilimnicola ehrlichii

要素

Dienelactone hydrolase domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / PETase / PET / enzyme / esterase / plastic / degradation / biotech / enzyme evolution

機能・相同性

Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / : / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Dienelactone hydrolase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Costanzi, E. / Applegate, V. / Smits, S.H.J.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of PET44, a PETase enzyme from Alkalilimnicola ehrlichii
著者: Costanzi, E. / Applegate, V. / Smits, S.H.J.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8otu.cif.gz	352.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8otu.ent.gz	261.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8otu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8otu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8otu	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dienelactone hydrolase domain-containing protein

B: Dienelactone hydrolase domain-containing protein

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dienelactone hydrolase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dienelactone hydrolase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	141.133, 45.660, 84.187
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.830, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-597- HOH

#1: タンパク質	Dienelactone hydrolase domain-containing protein 分子量: 34720.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌) 遺伝子: CAL65_11960 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E0WVY1
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.43 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→57.58 Å / Num. obs: 100380 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.15 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / R_merge(I) obs: 0.565 / Num. unique obs: 3171 / CC_1/2: 0.785

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→50.31 Å / SU ML: 0.1178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.8428
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1498	5036	5.02 %
R_work	0.1319	95328	-
obs	0.1328	100364	95.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→50.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4041	0	106	477	4624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0109	4312
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1565	5834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0855	609
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0124	778
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3347	1555

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2859	97	0.2856	1812	X-RAY DIFFRACTION	55.8
1.42-1.43	0.2528	146	0.2377	2600	X-RAY DIFFRACTION	78.37
1.43-1.45	0.1918	164	0.1953	3061	X-RAY DIFFRACTION	92.54
1.45-1.47	0.2247	192	0.1755	3069	X-RAY DIFFRACTION	94.3
1.47-1.49	0.1751	177	0.1643	3140	X-RAY DIFFRACTION	95.7
1.49-1.51	0.1951	178	0.1594	3154	X-RAY DIFFRACTION	96.22
1.51-1.53	0.209	182	0.1529	3177	X-RAY DIFFRACTION	96.58
1.53-1.55	0.2024	163	0.1515	3196	X-RAY DIFFRACTION	97.08
1.55-1.58	0.1583	138	0.1494	3287	X-RAY DIFFRACTION	97.22
1.58-1.6	0.1706	171	0.148	3161	X-RAY DIFFRACTION	96.95
1.6-1.63	0.1534	174	0.1493	3238	X-RAY DIFFRACTION	97.12
1.63-1.66	0.1697	167	0.1463	3208	X-RAY DIFFRACTION	97.21
1.66-1.69	0.1301	165	0.1336	3249	X-RAY DIFFRACTION	97.43
1.69-1.73	0.163	171	0.1313	3206	X-RAY DIFFRACTION	97.52
1.73-1.76	0.1471	173	0.1268	3240	X-RAY DIFFRACTION	97.74
1.76-1.8	0.1616	173	0.1251	3236	X-RAY DIFFRACTION	97.9
1.8-1.85	0.1409	191	0.1244	3208	X-RAY DIFFRACTION	97.98
1.85-1.9	0.1293	154	0.1247	3295	X-RAY DIFFRACTION	98.18
1.9-1.96	0.1536	170	0.1274	3243	X-RAY DIFFRACTION	98.1
1.96-2.02	0.1408	195	0.1234	3234	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.02-2.09	0.134	171	0.123	3283	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.09-2.18	0.1187	152	0.1184	3319	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.18-2.27	0.1403	186	0.1202	3265	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.27-2.39	0.136	175	0.1174	3306	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.39-2.54	0.1358	137	0.1143	3311	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.54-2.74	0.1473	170	0.1162	3321	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.74-3.02	0.1339	173	0.1181	3328	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.02-3.45	0.163	178	0.1221	3326	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.45-4.35	0.1314	180	0.1261	3390	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.35-50.31	0.1688	173	0.1648	3465	X-RAY DIFFRACTION	99.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.107036763281	0.00492179789705	-0.0473455047053	0.13820687196	-0.0566165005631	0.250329184351	0.111677139548	-0.199490615686	0.189389296054	0.101586660185	-0.0845995226414	-0.0652861857668	-0.125888476643	0.0588038665224	-0.00181098563005	0.215089750386	0.000663802891468	0.00413983929157	0.15271977814	-0.0239056450249	0.185823614465	-10.4215437279	-13.5762082192	37.4457766531
2	0.380365802079	0.0821093765678	0.122573726514	0.23913736979	-0.039611203211	0.270107775197	0.0218030976631	-0.153690279343	-0.158256137254	0.264144788862	-0.0838763423332	0.0028566743386	0.216056304759	-0.269472451769	0.00456620647184	0.252181941263	-0.0185934848979	-0.00156758246123	0.170286964684	0.0117857910908	0.185437087091	-16.1080061821	-33.2980792774	35.6079364984
3	1.10952965687	0.188975086935	-0.250184443225	0.644060684401	-0.0568167945382	0.792042696083	0.0201816279053	0.1541267908	-0.067427437401	0.00542932964124	-0.0419386946466	0.0012964810226	0.095167457984	-0.161983895921	-4.81362610219E-8	0.170832145915	0.0207743145374	-0.00597653962969	0.156655056092	-0.0131108974473	0.138019964621	-16.138498935	-29.3907299552	23.2294881858
4	0.0978016458833	0.0368298950742	0.0974502191613	0.173516755703	-0.0355395201022	0.0948844833611	0.0333524971389	0.400431368266	0.248347247275	-0.0440784144242	-0.0511526078538	-0.114159929277	-0.0212895212243	-0.0538095055909	-0.0029474754042	0.167240136409	0.0544600231326	0.0209893671647	0.253344625471	0.0420155484743	0.17390740904	-4.5198519187	-20.4750988985	12.2119610851
5	0.444326551286	0.335022131555	-0.153081769566	0.295616133512	0.0553915334291	0.303657521311	0.0731849900469	0.126431535038	0.157046078258	0.0146364744372	-0.0390992050059	-0.0740053599894	-0.0783099014961	-0.0144539882351	0.0194994436131	0.170355700798	0.0529884703806	0.0080566324426	0.166098769742	0.0386927770966	0.172425412434	-8.1651756418	-16.9611881	19.8567965356
6	0.0733632525407	-0.0596244785629	-0.0662906251509	0.0555911165099	0.150792409514	0.208790507088	0.259664290413	0.150657754052	0.405413351485	0.0244602752767	-0.072126840065	-0.0243966145834	-0.38985209288	-0.0782080117723	-0.0862051833711	0.278369423197	0.0478094728942	0.0497029753866	0.168580933681	0.0618736986949	0.291846492264	-9.13416590792	-7.7426257482	22.8207782897
7	0.164216356651	-0.12052253011	0.121337085206	0.110283730983	0.0471577393278	0.15649567702	0.0108015946245	0.0803534962488	0.118445004694	-0.00365857245305	0.0434388383834	0.0844121613041	-0.0480239624194	-0.0966247942301	2.46094867811E-7	0.180594986397	0.0321450744949	0.0150287942924	0.22660019905	0.0170684638504	0.19966530231	-60.6140590473	-4.17374727744	15.1042915239
8	0.176120784689	0.167322470678	-0.0116841482431	0.35247375477	-0.118954483169	0.286186987485	0.0240414098838	0.388615883957	0.00335763669625	-0.0802332243684	-0.0250391236016	0.0882085898882	0.0408903635729	0.055065170546	0.0333916820136	0.200669281391	0.0428436767737	-0.0190434004677	0.290756847689	-0.0348675001735	0.184394279104	-50.6946647173	-14.08484314	1.78855353667
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10	0.0157387753498	-0.0142870634854	0.0271295788956	0.0140800537258	-0.0193426589981	0.0287548395199	0.0793772320566	0.253252335555	0.0347994703894	-0.0248082836853	0.0104142204438	-0.0752438660338	-0.0751808800873	0.174166878263	-5.68817863594E-7	0.19351204839	0.00325440988847	0.0134854145654	0.327416673825	0.0180582144468	0.202860759736	-46.801842811	-6.12724889931	-1.45984748616
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14	0.0109256287765	0.0199794255364	-0.0148530435924	0.0293133438476	-0.024240483764	0.00495811655879	-0.100235228454	-0.109650842929	-0.460202667303	0.177744974753	0.0935822145318	0.255305834833	0.279295070418	-0.0554072875435	-1.5778565417E-6	0.254681681805	0.0120212527025	0.0170681175889	0.203163790305	0.0443404215042	0.303708366668	-54.7657755945	-24.2060401256	24.5214636803
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16	0.300258122182	-0.280484306177	0.0342882369936	0.202930993974	-0.015417208662	0.157606892043	-0.115309587751	-0.148538661712	0.0796049018232	0.162523603306	0.158088256942	-0.05108867747	-0.111317137368	-0.102482060464	0.000437845833576	0.224168107934	0.0626590718071	-0.00806523161911	0.239514161711	-0.00564756848526	0.189208034536	-52.146197545	-5.17419110366	28.7143730788

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 42 through 62 )	A	A	42 - 62	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 63 through 91 )	A	A	63 - 91	22 - 50
3	3	chain 'A' and (resid 92 through 208 )	A	A	92 - 208	51 - 167
4	4	chain 'A' and (resid 209 through 226 )	A	A	209 - 226	168 - 185
5	5	chain 'A' and (resid 227 through 275 )	A	A	227 - 275	186 - 234
6	6	chain 'A' and (resid 276 through 305 )	A	A	276 - 305	235 - 264
7	7	chain 'B' and (resid 42 through 62 )	B	B	42 - 62	1 - 21
8	8	chain 'B' and (resid 63 through 91 )	B	B	63 - 91	22 - 50
9	9	chain 'B' and (resid 92 through 150 )	B	B	92 - 150	51 - 109
10	10	chain 'B' and (resid 151 through 165 )	B	B	151 - 165	110 - 124
11	11	chain 'B' and (resid 166 through 208 )	B	B	166 - 208	125 - 167
12	12	chain 'B' and (resid 209 through 226 )	B	B	209 - 226	168 - 185
13	13	chain 'B' and (resid 227 through 245 )	B	B	227 - 245	186 - 204
14	14	chain 'B' and (resid 246 through 259 )	B	B	246 - 259	205 - 218
15	15	chain 'B' and (resid 260 through 275 )	B	B	260 - 275	219 - 234
16	16	chain 'B' and (resid 276 through 307 )	B	B	276 - 307	235 - 266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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