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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ot8 | ||||||
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タイトル | Alditol oxidase from Actinomycetota bacterium in complex with D-xylulose | ||||||
要素 | FAD-binding protein | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / Alditol oxidase / xylulose | ||||||
機能・相同性 | FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / D-XYLULOSE / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Actinomycetota bacterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Rotilio, L. / Mattevi, A. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2024 タイトル: Discovery and biochemical characterization of thermostable glycerol oxidases. 著者: Santema, L.L. / Rotilio, L. / Xiang, R. / Tjallinks, G. / Guallar, V. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ot8.cif.gz | 321 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ot8.ent.gz | 260.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ot8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ot8_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ot8_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ot8_validation.xml.gz | 58.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ot8_validation.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8ot8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8ot8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46176.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Actinomycetota bacterium (バクテリア) 遺伝子: DIU60_24820 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2W4MPG3 #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 糖 | ChemComp-XUL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.12 M Monosaccharides 0.1 M Buffer System 2 7.5 30 % v/v Precipitant Mix 1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→49.55 Å / Num. obs: 73369 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.45 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 2.581 / Num. measured all: 30175 / Num. unique obs: 4513 / CC1/2: 0.587 / Rpim(I) all: 1.071 / Rrim(I) all: 2.798 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 0.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→49.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 23.114 / SU ML: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.495 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.423 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→49.55 Å
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拘束条件 |
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