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- PDB-8osq: Why does the herpes simplex 1 virus-encoded UL49.5 protein fail t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8osq
タイトルWhy does the herpes simplex 1 virus-encoded UL49.5 protein fail to inhibit the TAP-dependent antigen presentation?
要素Envelope glycoprotein N
キーワードVIRAL PROTEIN / UL49.5 protein / HSV-1 / herpesvirus / molecular dynamics / ER membrane
機能・相同性Herpesvirus UL49A / Envelope glycoprotein N / host cell membrane / host cell Golgi apparatus / viral envelope / virion membrane / membrane / Envelope glycoprotein N
機能・相同性情報
生物種Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Zhukov, I. / Krupa, P. / Karska, N. / Rodziewicz-Motowidlo, S. / Lipinska, A.D.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2020/04/X/ST4/01491 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Why doesn't the UL49.5 protein from HSV-1 virus inhibit the TAP antigen presentation pathway?
著者: Karska, N. / Zhukov, I. / Lipinska, A.D. / Rodziewicz-Motowidlo, S. / Krupa, P.
履歴
登録2023年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3801
ポリマ－3,3801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 10all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein N


分子量: 3379.504 Da / 分子数: 1 / 変異: C46ABU M54NLE / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: O09800
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic22D 1H-1H NOESY
141isotropic22D 1H-1H TOCSY
151isotropic22D 1H-1H ROESY

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試料調製

詳細タイプ: micelle / 内容: 0.4 mM NA- NHSV, 90% H2O/10% D2O / Label: sample 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.4 mM / 構成要素: NHSV / Isotopic labeling: NA-
試料状態イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 5 / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / PH err: 0.2 / 圧: 1 bar / 温度: 303 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ4.3Agilent Inc.collection
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5 / 詳細: 243 restraints were used
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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