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- PDB-8ose: C. perfringens chitinase CP4_3455 in complex with inhibitor bisdi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ose
タイトルC. perfringens chitinase CP4_3455 in complex with inhibitor bisdionin C
要素Chitodextrinase
キーワードHYDROLASE / chitinase / inhibitor / TIM barrel / necrotic enteritis
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding / chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinase, C-terminal / Chitinase C / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 ...Chitinase, C-terminal / Chitinase C / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DW0 / Chitodextrinase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: C. perfringens chitinase CP4_3455 in complex with inhibitor bisdionin C
著者: Bloch, Y. / Savvides, S.N.
履歴
登録2023年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitodextrinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7134
ポリマ－65,1731
非ポリマー5413
水11,403633
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area22970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.329, 108.802, 111.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Chitodextrinase


分子量: 65172.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-2 (MG)] cloning scar. Residues [569-575 (SHHHHHH)] purification tag.
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: CP4_3455 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express lysY/Iq / 参照: UniProt: F8UNI5
#2: 化合物 ChemComp-DW0 / 1,1'-PROPANE-1,3-DIYLBIS(3,7-DIMETHYL-3,7-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6-DIONE) / BISDIONIN C / 1-[3-(3,7-DIMETHYL-2,6-DIOXO-2,3,6,7-TETRAHYDRO-1H-PURIN-1-YL)PROPYL]-3,7-DIMETHYL-2,3,6,7-TETRAHYDRO-1H-PURINE-2,6-DION E / 1,1′-トリメチレンビス(3,7-ジメチルキサンチン)


分子量: 400.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N8O4
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.2 M Lithium acetate dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→49.47 Å / Num. obs: 133165 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.78 % / Biso Wilson estimate: 17.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
6.04-49.475.0643.5216090.9980.0395.5
1.35-1.395.452.3896410.7390.84498.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20180126データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→49.47 Å / SU ML: 0.1055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.1431
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.163 1989 1.49 %
Rwork0.1386 131174 -
obs0.1389 133163 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→49.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4470 0 37 633 5140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11516547
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0862687
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.83471761
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.380.24111360.19839145X-RAY DIFFRACTION98.05
1.38-1.420.19161430.16849330X-RAY DIFFRACTION99.67
1.42-1.460.17571490.15359326X-RAY DIFFRACTION99.91
1.46-1.510.17741380.13289365X-RAY DIFFRACTION99.78
1.51-1.560.18381380.12459361X-RAY DIFFRACTION99.75
1.56-1.630.14961410.11419360X-RAY DIFFRACTION99.67
1.63-1.70.13321460.10879337X-RAY DIFFRACTION99.75
1.7-1.790.14531450.11379421X-RAY DIFFRACTION99.6
1.79-1.90.16831410.12269320X-RAY DIFFRACTION99.38
1.9-2.050.12881430.12349376X-RAY DIFFRACTION99.21
2.05-2.260.13971390.12239371X-RAY DIFFRACTION98.83
2.26-2.580.15641420.13459378X-RAY DIFFRACTION98.59
2.58-3.250.17781440.15089430X-RAY DIFFRACTION98.23
3.25-49.470.17181440.15019654X-RAY DIFFRACTION97.05
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.342 Å / Origin y: 1.746 Å / Origin z: 5.512 Å
111213212223313233
T0.199697701356 Å20.0177169641787 Å20.0328882398155 Å2-0.204358723235 Å20.0396195864557 Å2--0.251179547205 Å2
L0.146979780922 °2-0.14249822388 °2-0.114376177196 °2-0.238879763043 °20.154814488796 °2--0.166355108237 °2
S-0.0661821444758 Å °-0.0789286457081 Å °0.327932167825 Å °0.367561246676 Å °0.403186869613 Å °0.161751492907 Å °0.248223490043 Å °-0.27989453899 Å °0.00669752443578 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ( CHAIN A AND RESID 701:701 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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