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- PDB-8osb: TWIST1-TCF4-ALX4 complex on specific DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8osb
タイトルTWIST1-TCF4-ALX4 complex on specific DNA
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • Homeobox protein aristaless-like 4
  • Transcription factor 4
  • Twist-related protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / complex with DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic camera-type eye formation / cell proliferation involved in heart valve development / positive regulation of endocardial cushion to mesenchymal transition involved in heart valve formation / negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / cranial suture morphogenesis / HMG box domain binding / negative regulation of double-strand break repair / negative regulation of skeletal muscle tissue development / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of striated muscle tissue development ...embryonic camera-type eye formation / cell proliferation involved in heart valve development / positive regulation of endocardial cushion to mesenchymal transition involved in heart valve formation / negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / cranial suture morphogenesis / HMG box domain binding / negative regulation of double-strand break repair / negative regulation of skeletal muscle tissue development / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of striated muscle tissue development / protein-DNA complex assembly / beta-catenin-TCF7L2 complex / negative regulation of macrophage cytokine production / bHLH transcription factor binding / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / beta-catenin-TCF complex / embryonic skeletal system morphogenesis / mitral valve morphogenesis / TGFBR3 expression / developmental process / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / digestive tract development / regulation of bone mineralization / embryonic cranial skeleton morphogenesis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / embryonic forelimb morphogenesis / aortic valve morphogenesis / outer ear morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / positive regulation of cell motility / muscle organ development / anterior/posterior pattern specification / endocardial cushion morphogenesis / DNA-binding transcription repressor activity / embryonic digit morphogenesis / roof of mouth development / Myogenesis / eyelid development in camera-type eye / E-box binding / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TFIIB-class transcription factor binding / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / hair follicle development / negative regulation of osteoblast differentiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / energy homeostasis / positive regulation of neuron differentiation / ossification / post-embryonic development / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of epithelial cell proliferation / skeletal system development / neural tube closure / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / cellular response to growth factor stimulus / histone deacetylase binding / positive regulation of interleukin-6 production / beta-catenin binding / osteoblast differentiation / positive regulation of angiogenesis / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / sequence-specific double-stranded DNA binding / rhythmic process / nervous system development / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / regulation of apoptotic process / in utero embryonic development / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / : / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...: / : / OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / : / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor 4 / Twist-related protein 1 / Homeobox protein aristaless-like 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Morgunova, E. / Kim, S. / Popov, A. / Wysocka, J. / Taipale, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: DNA-guided transcription factor cooperativity shapes face and limb mesenchyme.
著者: Kim, S. / Morgunova, E. / Naqvi, S. / Goovaerts, S. / Bader, M. / Koska, M. / Popov, A. / Luong, C. / Pogson, A. / Swigut, T. / Claes, P. / Taipale, J. / Wysocka, J.
履歴
登録2023年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: DNA (25-MER)
W: DNA (25-MER)
E: Homeobox protein aristaless-like 4
A: Transcription factor 4
B: Twist-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1605
ポリマ－38,1605
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9060 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area17740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.589, 60.589, 237.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XW

#1: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7745.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7606.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 3種, 3分子 EAB

#3: タンパク質 Homeobox protein aristaless-like 4


分子量: 7809.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALX4, KIAA1788 / プラスミド: Rosetta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H161
#4: タンパク質 Transcription factor 4 / TCF-4 / Class B basic helix-loop-helix protein 19 / bHLHb19 / Immunoglobulin transcription factor 2 ...TCF-4 / Class B basic helix-loop-helix protein 19 / bHLHb19 / Immunoglobulin transcription factor 2 / ITF-2 / SL3-3 enhancer factor 2 / SEF-2


分子量: 7132.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCF4, BHLHB19, ITF2, SEF2 / プラスミド: Rosetta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15884
#5: タンパク質 Twist-related protein 1 / Class A basic helix-loop-helix protein 38 / bHLHa38 / H-twist


分子量: 7865.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TWIST1, BHLHA38, TWIST / プラスミド: Rosetta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15672

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非ポリマー , 1種, 27分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium Cacodylate buffer (pH 7.5), 100 mM magnesium acetate, 18 % Glycerol, 20 % 2-Methyl-2,4-pentanediol, 6-7% PEG (Mw 8000)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→47.99 Å / Num. obs: 12686 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.223 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 132310
反射 シェル解像度: 2.82→2.98 Å / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 4.877 / Num. measured all: 16496 / Num. unique obs: 1581 / CC1/2: 0.149 / Rpim(I) all: 1.546 / Rrim(I) all: 5.126 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 19.483 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.297 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26987 598 5 %RANDOM
Rwork0.21968 ---
obs0.22251 11318 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.448 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20.54 Å2-0 Å2
2--1.08 Å2-0 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 1025 0 27 2644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9651.6993959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.141.5775087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6425.575453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67119.5120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.22215330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5971527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.232452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.9558.95756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.9528.94755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.73813.438942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.73313.451943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.5319.1622081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.5229.1512079
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.04913.6043016
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.6468869
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.6438869
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 35 -
Rwork0.451 804 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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