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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8os6 | ||||||
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タイトル | Structure of a GFRA1/GDNF LICAM complex | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION / Adhesion / Synapse / Complex / signalling | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diencephalon development / regulation of morphogenesis of a branching structure / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / enteric nervous system development ...diencephalon development / regulation of morphogenesis of a branching structure / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / enteric nervous system development / peristalsis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / peripheral nervous system development / sympathetic nervous system development / metanephros development / mRNA stabilization / neural crest cell migration / branching involved in ureteric bud morphogenesis / MAP kinase kinase kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / growth factor activity / receptor tyrosine kinase binding / neuron projection development / signaling receptor activity / nervous system development / protein-containing complex assembly / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / external side of plasma membrane / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Houghton, F.M. / Adams, S.E. / Briggs, D.C. / McDonald, N.Q. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Architecture and regulation of a GDNF-GFRα1 synaptic adhesion assembly. 著者: F M Houghton / S E Adams / A S Ríos / L Masino / A G Purkiss / D C Briggs / F Ledda / N Q McDonald / 要旨: Glial-cell line derived neurotrophic factor (GDNF) bound to its co-receptor GFRα1 stimulates the RET receptor tyrosine kinase, promoting neuronal survival and neuroprotection. The GDNF-GFRα1 ...Glial-cell line derived neurotrophic factor (GDNF) bound to its co-receptor GFRα1 stimulates the RET receptor tyrosine kinase, promoting neuronal survival and neuroprotection. The GDNF-GFRα1 complex also supports synaptic cell adhesion independently of RET. Here, we describe the structure of a decameric GDNF-GFRα1 assembly determined by crystallography and electron microscopy, revealing two GFRα1 pentamers bridged by five GDNF dimers. We reconsitituted the assembly between adhering liposomes and used cryo-electron tomography to visualize how the complex fulfils its membrane adhesion function. The GFRα1:GFRα1 pentameric interface was further validated both in vitro by native PAGE and in cellulo by cell-clustering and dendritic spine assays. Finally, we provide biochemical and cell-based evidence that RET and heparan sulfate cooperate to prevent assembly of the adhesion complex by competing for the adhesion interface. Our results provide a mechanistic framework to understand GDNF-driven cell adhesion, its relationship to trophic signalling, and the central role played by GFRα1. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8os6.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8os6.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8os6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8os6_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8os6_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8os6_validation.xml.gz | 100 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8os6_validation.cif.gz | 132.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8os6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8os6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3fubS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 20分子 ACEGIKMOQSBDFHJLNPRT
#1: タンパク質 | 分子量: 29249.277 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: gfralpha1a, zgc:110129, gfra1a 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q98TT9 #2: タンパク質 | 分子量: 11338.884 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: gdnf 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q98TU0 |
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-糖 , 4種, 18分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 1種, 19分子
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.48 % |
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100mM Tris pH 7.5 100mM NaCl 3% (v/v) Acetonitrile 5% (w/v)PEG 20k Temp details: Room Temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月30日 |
放射 | モノクロメーター: Single Bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→90.45 Å / Num. obs: 140996 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 77.01 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 4.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 0.25 / Num. unique obs: 6703 / CC1/2: 0.281 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FUB 解像度: 2.66→90.45 Å / SU ML: 0.529 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.4716 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→90.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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