PDB-8os2: Structure of the human LYVE-1 (lymphatic vessel endothelial recep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8os2

タイトル

Structure of the human LYVE-1 (lymphatic vessel endothelial receptor-1) hyaluronan binding domain in an unliganded state

要素

Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1

キーワード

CELL ADHESION / Hyaluronan binding / cell migration / lymphatic system

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular extravasation / Hyaluronan uptake and degradation / hyaluronic acid binding / hyaluronan catabolic process / cargo receptor activity / anatomical structure morphogenesis / receptor-mediated endocytosis / cell-matrix adhesion / response to wounding / transmembrane signaling receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Ni, T. / Banerji, S. / Jackson, D.J. / Gilbert, R.J.C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature Communications / 年: 2025
タイトル: Structure of the murine LYVE-1 (lymphatic vessel endothelial receptor-1) hyaluronan binding domain in an unliganded state
著者: Bano, F. / Banerji, S. / Ni, T. / Green, D.E. / DeAngelis, P.L. / Paci, E. / Lepsik, M. / Jackson, D.J. / Gilbert, R.J.C.

履歴

登録	2023年4月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8os2.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8os2.ent.gz	51 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8os2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8os2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8os2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8orxC 8ox3C 8oxdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1

ヘテロ分子

16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Sedimentation velocity analytical ultracentrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.810, 70.810, 75.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質

Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1 / LYVE-1 / Cell surface retention sequence-binding protein 1 / CRSBP-1 / Extracellular link domain- ...

分子量: 16102.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYVE1, CRSBP1, HAR, XLKD1, UNQ230/PRO263 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9Y5Y7

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.5M NaCl, 0.1M Sodium/Potassium Phosphate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→41.77 Å / Num. obs: 303577 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.02 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1181 / CC_1/2: 0.5 / R_rim(I) all: 1.951

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.64→41.77 Å / SU ML: 0.2249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2423
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	1180	4.87 %
R_work	0.1826	23035	-
obs	0.1845	24215	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→41.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	944	0	40	158	1142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	1021
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9686	1382
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0621	163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	170
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.352	153

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.71	0.3424	147	0.3374	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.81	0.3095	151	0.2718	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.92	0.2533	135	0.2219	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.92-2.07	0.251	138	0.2119	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.27	0.2236	128	0.1931	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.27-2.6	0.2014	164	0.1864	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-3.28	0.2168	179	0.1922	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-41.77	0.2136	138	0.1545	3101	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.15472661704	3.94099801867	-3.94159169913	8.48487450594	-2.52652309539	1.79557788941	-0.17371083779	1.49569896436	-0.502178883476	-1.36967003652	0.123645285429	-0.11459228757	0.971447980964	-0.593128791776	-0.147053066735	0.505694229737	0.0658572813428	-0.00702063399245	0.462314710207	-0.0729675206736	0.307207097681	28.541664	50.4673864779	9.2297386439
2	8.75729321661	-1.40791256911	-2.0507106823	2.03744959082	4.09824543534	8.75199611073	-0.213836508806	-0.0496818701816	-0.51678321567	0.482379905021	0.167203160189	0.443703169728	0.551553750393	-0.0103580310826	-0.0675593580128	0.255707625514	-0.0393648961305	-0.00118440182232	0.295307946651	-0.00524709376904	0.224782530389	21.6666823757	53.8366496896	26.1567375927
3	6.5703462597	2.42644597099	-0.101504798643	5.69034580035	2.23794893532	8.13231225025	-0.0324356747482	0.478292139721	-0.820385768739	-0.316310591363	-0.141111196017	-0.411485099897	0.695346516167	0.413128014877	0.190048205954	0.299505652638	0.104306261391	-0.0375337010863	0.29012122584	0.00216984399781	0.252037528317	33.1027887787	50.2011118584	16.8838761544
4	3.20078311039	-0.71026107931	4.01387773788	3.3433120647	0.197912116269	5.43896173862	0.144271784294	0.433713568879	0.313219805403	-0.554138117351	-0.181411272801	-0.0111699358684	-0.171416283185	0.481921608904	0.127235952782	0.347447370082	0.0111808352083	-0.00227022274474	0.319391643404	0.0359745109197	0.168811510893	31.9473979068	59.4090391379	13.4577752512
5	7.32083574898	-1.24293305374	-0.796847569296	3.43949331192	-1.42969835275	6.28182593509	-0.0121266174398	-0.989347504683	0.0123455272074	0.345060259327	-0.0127753587655	-0.0980494962821	-0.315685597624	0.43739401363	0.0346179703085	0.200791908422	-0.0536688483518	-0.0285271817836	0.32167632057	-0.0126444322669	0.212080529197	29.4426887379	58.2636801143	29.2623338351
6	2.22939942145	-0.642632815106	-3.18591618265	3.80438200436	-1.67641161358	6.47899871574	0.329673127364	-0.726826874155	0.153050231949	0.320158368849	-0.151585057212	-0.192683351195	-0.607487973378	0.644592723448	-0.00299977193395	0.251265186209	-0.0455592826579	-0.0167127773946	0.449199342187	0.0204604227623	0.229351074941	36.7087553902	58.1827943442	26.598799982
7	6.55434516202	0.676137900888	2.91678355342	3.82062915764	3.12404562804	3.44241658724	0.248744608682	0.21055969016	-0.812948519423	0.886687561226	0.502112109155	-0.861853824254	1.54107083468	-0.0826948759726	-0.688449649808	0.702526121478	0.0638435684842	-0.090553185033	0.526416867867	0.169186198108	0.550617481471	36.7362121688	47.5244359329	37.1580531617
8	6.1584351204	2.73925099936	-5.97354251023	1.26213497759	-2.65864649786	5.81523007947	-0.453469263784	-0.532125790863	0.523617561281	-0.357413961605	0.435576191151	0.202878342365	0.573729841345	-0.183036321492	0.0158710124553	0.347216575849	-0.000821397119346	-0.0575349132983	0.592224416988	0.004680179209	0.247216445197	40.1276122175	58.1908787456	31.1149818605
9	9.32775848723	-0.732931760467	-2.52445220529	4.62723493492	-0.759579245786	5.58426033983	0.193305450969	0.55755553071	-0.118538299034	-0.262312191905	-0.135491343225	0.105514657447	0.104454322559	0.183515150364	-0.0579535048678	0.269102412589	-0.0178551953583	-0.0448698233923	0.275260715376	0.0109509347993	0.115742824209	32.1215991323	58.1369567985	21.2306709597
10	2.14696707785	-0.0110787999726	1.52885278699	4.56685637637	-0.402846121191	7.22262447929	-0.205220755714	0.343997588274	0.52565594532	0.0332704622328	0.121532344696	0.658387604621	-0.141171666355	-0.688072097066	-0.0436754747334	0.227051443525	-0.0349582039068	0.0284087970709	0.375510075486	0.0425077123922	0.395021694403	9.24228685855	58.651364772	30.6266410534

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 24 through 32 )	24 - 32	1 - 11
2	2	chain 'A' and (resid 33 through 40 )	33 - 40	12 - 19
3	3	chain 'A' and (resid 41 through 53 )	41 - 53	20 - 32
4	4	chain 'A' and (resid 54 through 64 )	54 - 64	33 - 43
5	5	chain 'A' and (resid 65 through 87 )	65 - 87	44 - 70
6	6	chain 'A' and (resid 88 through 99 )	88 - 99	71 - 82
7	7	chain 'A' and (resid 100 through 111 )	100 - 111	83 - 94
8	8	chain 'A' and (resid 112 through 117 )	112 - 117	95 - 100
9	9	chain 'A' and (resid 118 through 134 )	118 - 134	101 - 117
10	10	chain 'A' and (resid 135 through 146 )	135 - 146	118 - 129

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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