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- PDB-8orw: Crystal structure of human STING in complex with the agonist MD1203 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8orw
タイトルCrystal structure of human STING in complex with the agonist MD1203
要素Stimulator of interferon protein
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / sting / antiviral / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle ...2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VZ6 / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Klima, M. / Boura, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Fluorinated cGAMP analogs, which act as STING agonists and are not cleavable by poxins: Structural basis of their function.
著者: Klima, M. / Dejmek, M. / Duchoslav, V. / Eisenreichova, A. / Sala, M. / Chalupsky, K. / Chalupska, D. / Novotna, B. / Birkus, G. / Nencka, R. / Boura, E.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8502
ポリマ－23,1891
非ポリマー6611
水00
1
A: Stimulator of interferon protein
ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7014
ポリマ－46,3782
非ポリマー1,3232
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.442, 78.145, 35.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon protein


分子量: 23189.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING, LOC340061, hCG_1782396 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3XZB7
#2: 化合物 ChemComp-VZ6 / 9-[(1~{S},6~{R},8~{R},9~{R},10~{R},15~{R},17~{R},18~{R})-8-(6-aminopurin-9-yl)-9,18-bis(fluoranyl)-3,12-bis(oxidanyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-2,4,7,11,13-pentaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.2.1.0^{6,10}]octadecan-17-yl]-1~{H}-purin-6-one


分子量: 661.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23F2N9O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG 8.000; 200 mM lithium chloride; 100 mM Tris, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→44.34 Å / Num. obs: 4988 / % possible obs: 95.11 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 75.27 Å2 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.3852 / Rpim(I) all: 0.161 / Rrim(I) all: 0.4183 / Net I/σ(I): 6.43
反射 シェル解像度: 2.95→3.055 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 2.025 / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 494 / CC1/2: 0.455 / CC star: 0.791 / Rpim(I) all: 0.8413 / Rrim(I) all: 2.197 / % possible all: 93.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSxdsapp 3.1.9データ削減
XDSxdsapp 3.1.9データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.7モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→44.34 Å / SU ML: 0.3731 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.2168
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 248 4.98 %random selection
Rwork0.2189 4727 --
obs0.2205 4975 95.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→44.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1413 0 44 0 1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52942022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0395222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9299586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.720.31961240.26662335X-RAY DIFFRACTION94.61
3.72-44.340.22331240.20072392X-RAY DIFFRACTION95.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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