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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oru | ||||||
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タイトル | cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase from the hyperthermophilic archaeon Methanothermus fervidus bound to 2,3-diphosphoglycerate and ADP. | ||||||
![]() | Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / Synthetase / extremolyte / thermophilic | ||||||
機能・相同性 | ![]() cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthase / cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase activity / ligase activity / gluconeogenesis / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | De Rose, S.A. / Isupov, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of a novel cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase involved in extremolyte production in the archaeon Methanothermus fervidus . 著者: De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Worthy, H.L. / Stracke, C. / Harmer, N.J. / Siebers, B. / Littlechild, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 717.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 6.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 6.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8orkC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD
#1: タンパク質 | 分子量: 50724.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: cpgS, Mfer_0077 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O93732, cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthase |
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-非ポリマー , 6種, 80分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DG2.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DG2.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-DG2 / ( #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: The substrate bound crystals grew in condition E12 of the Morpheus screen consisting of 0.12M Ethylene glycols mix, 0.1M Buffer System 3 pH 8.5 and 37.5% v/v of Precipitant Mix 4. where the ...詳細: The substrate bound crystals grew in condition E12 of the Morpheus screen consisting of 0.12M Ethylene glycols mix, 0.1M Buffer System 3 pH 8.5 and 37.5% v/v of Precipitant Mix 4. where the different solution are: Ethylene glycols mix: 0.3M Diethylene glycol; 0.3M Triethylene glycol; 0.3M Tetraethylene glycol; 0.3M Pentaethylene glycol. Buffer system 3: Tris (base); BICINE pH 8.5 Precipitant mix 4: 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→69.92 Å / Num. obs: 92153 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 4558 / CC1/2: 0.382 / % possible all: 97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→69.92 Å
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