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万見
- PDB-8oru: cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase from the hyperthermophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oru
タイトルcyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase from the hyperthermophilic archaeon Methanothermus fervidus bound to 2,3-diphosphoglycerate and ADP.
要素Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
キーワードLIGASE / Synthetase / extremolyte / thermophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthase / cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase activity / ligase activity / gluconeogenesis / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclic 2, 3-diphospoglycerate synthetase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / (2R)-2,3-diphosphoglyceric acid / PHOSPHATE ION / Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermus fervidus DSM 2088 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者De Rose, S.A. / Isupov, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2023
タイトル: Structural characterization of a novel cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase involved in extremolyte production in the archaeon Methanothermus fervidus .
著者: De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Worthy, H.L. / Stracke, C. / Harmer, N.J. / Siebers, B. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
BBB: Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
CCC: Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
DDD: Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,17634
ポリマ－202,8994
非ポリマー4,27730
水90150
1
AAA: Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
BBB: Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,66718
ポリマ－101,4492
非ポリマー2,21716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10260 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area36020 Å2
手法PISA
2
CCC: Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
DDD: Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,50916
ポリマ－101,4492
非ポリマー2,06014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10410 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area35760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.234, 71.478, 103.543
Angle α, β, γ (deg.)97.015, 103.424, 99.045
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質
Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase / cDPGS


分子量: 50724.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermus fervidus DSM 2088 (古細菌)
遺伝子: cpgS, Mfer_0077 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: O93732, cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthase

-
非ポリマー , 6種, 80分子

#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-DG2 / (2R)-2,3-diphosphoglyceric acid / 2,3-Bisphosphoglyceric acid / 2,3-bisphosphoglycerate / 2,3-BPG / 2,3-diphosphoglyceric acid / 2,3-diphosphoglycerate / 2,3-DPG / (2~{R})-2,3-diphosphonooxypropanoic acid


分子量: 266.037 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: The substrate bound crystals grew in condition E12 of the Morpheus screen consisting of 0.12M Ethylene glycols mix, 0.1M Buffer System 3 pH 8.5 and 37.5% v/v of Precipitant Mix 4. where the ...詳細: The substrate bound crystals grew in condition E12 of the Morpheus screen consisting of 0.12M Ethylene glycols mix, 0.1M Buffer System 3 pH 8.5 and 37.5% v/v of Precipitant Mix 4. where the different solution are: Ethylene glycols mix: 0.3M Diethylene glycol; 0.3M Triethylene glycol; 0.3M Tetraethylene glycol; 0.3M Pentaethylene glycol. Buffer system 3: Tris (base); BICINE pH 8.5 Precipitant mix 4: 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→69.92 Å / Num. obs: 92153 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 4558 / CC1/2: 0.382 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→69.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 --
Rwork0.216 --
obs-92153 85.28 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→69.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14232 0 255 50 14537

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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