PDB-8orr: Outer membrane protein assembly factor BamB from Klebsiella pneumoniae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8orr

タイトル

Outer membrane protein assembly factor BamB from Klebsiella pneumoniae

要素

Outer membrane protein assembly factor BamB

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / Outer membrane protein assembly factor BamB

機能・相同性

機能・相同性情報

Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Song, H. / Bolla, J.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Outer membrane protein assembly factor BamB from Klebsiella pneumoniae
著者: Song, H. / Bolla, J.R.

履歴

登録	2023年4月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8orr.cif.gz	148.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8orr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8orr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/8orr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/8orr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Outer membrane protein assembly factor BamB

ヘテロ分子

39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.095, 50.095, 259.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-682- HOH

#1: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamB 分子量: 38829.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: yfgL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W8AU86
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% PEG 400, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.6) and 0.08 M cadmium acetate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→29.285 Å / Num. obs: 48078 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 1.57→1.61 Å / R_merge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 3386 / CC_1/2: 0.92 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→29.285 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.544 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	1954	4.987 %
R_work	0.1711	37230	-
all	0.173	-	-
obs	-	39184	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.911 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.191 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.191 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.382 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2631	0	6	320	2957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.426	1.627	3761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.271	1.581	5953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.215	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.281	23.409	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.696	15	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.011	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.144	0.2	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.176	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.274	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.45	1.372	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.43	1.37	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.392	2.046	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.392	2.047	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.856	1.621	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.855	1.624	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.952	2.331	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.951	2.334	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.745	17.665	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.536	16.69	2818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.724	0.247	143	0.198	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.724-1.771	0.218	140	0.205	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.771-1.822	0.249	144	0.191	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.822-1.878	0.227	150	0.182	2459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.878-1.94	0.201	94	0.182	2448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.008	0.208	116	0.179	2357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.008-2.083	0.235	132	0.169	2264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.083-2.168	0.184	119	0.165	2138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.168-2.265	0.208	106	0.166	2117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.265-2.375	0.194	98	0.154	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.503	0.237	85	0.178	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.503-2.655	0.209	95	0.173	1822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.655-2.838	0.223	89	0.17	1716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-3.065	0.199	79	0.168	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.065-3.357	0.207	97	0.172	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.357-3.752	0.214	85	0.163	1349	X-RAY DIFFRACTION	100
3.752-4.33	0.199	56	0.157	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-5.297	0.162	61	0.146	1059	X-RAY DIFFRACTION	100
5.297-7.466	0.186	40	0.187	860	X-RAY DIFFRACTION	100
7.466-29.285	0.323	25	0.205	521	X-RAY DIFFRACTION	97.5

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.6912 Å / Origin y: 19.3786 Å / Origin z: 277.8545 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0241 Å²	0.0033 Å²	0.0078 Å²	-	0.0135 Å²	0.0015 Å²	-	-	0.0335 Å²
L	0.5947 °²	-0.0882 °²	0.2838 °²	-	2.3012 °²	0.4117 °²	-	-	0.7366 °²
S	-0.0007 Å °	0.0648 Å °	0.079 Å °	-0.1529 Å °	-0.0598 Å °	0.0811 Å °	-0.0699 Å °	-0.0254 Å °	0.0606 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL / Selection details: { AAA|31-392 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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