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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8orp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Drosophila melanogaster alpha-amylase in complex with the inhibitor acarbose | ||||||
![]() | Alpha-amylase A | ||||||
![]() | HYDROLASE / ALPHA-AMYLASE / ALPHA-1 / 4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE / BETA- ALPHA-EIGHT BARREL / ADAPTATION / INHIBITOR / ACARBOSE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Digestion of dietary carbohydrate / alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Aghajari, N. / Haser, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Characterization of Drosophila melanogaster alpha-Amylase. 著者: Rhimi, M. / Da Lage, J.L. / Haser, R. / Feller, G. / Aghajari, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 275.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8or6C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 53797.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Amy-p, AmyA, CG18730 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 647.622 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 485.481 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-非ポリマー , 4種, 919分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-SR / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20 % (v/v) PEG monomethyl ether 550, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M bicine buffer (pH 9.0) and 10 mM strontium chloride. Soak in a solution containing 10 mM acarbose. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日 |
放射 | モノクロメーター: diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29.6 Å / Num. obs: 75240 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.57 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Num. unique obs: 10118 / CC1/2: 0.778 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.57 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.461429737109 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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