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- PDB-8orn: Crystal structure of Xanthomonas campestris pv. campestris LolA-L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8orn
タイトルCrystal structure of Xanthomonas campestris pv. campestris LolA-LolB complex
要素
  • Outer-membrane lipoprotein LolB
  • Outer-membrane lipoprotein carrier protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lipoprotein transport / Lol pathway / LolA / LolB / protein-protein complex / Xanthomonas campestris pv. campestris / plant pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / cell outer membrane / protein transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Outer membrane lipoprotein LolB / Outer membrane lipoprotein LolB / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, Proteobacteria / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Clam / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer-membrane lipoprotein carrier protein / Outer-membrane lipoprotein LolB
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Furlanetto, V. / Divne, C.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilFORMAS 2017-00983 スウェーデン
Swedish Research CouncilOscar and Lili Lamm Memorial Foundation DO2017-0020 スウェーデン
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2023
タイトル: LolA and LolB from the plant-pathogen Xanthomonas campestris forms a stable heterodimeric complex in the absence of lipoprotein.
著者: Furlanetto, V. / Divne, C.
履歴
登録2023年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
B: Outer-membrane lipoprotein LolB
C: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
D: Outer-membrane lipoprotein LolB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9326
ポリマ－91,7404
非ポリマー1922
水48627
1
A: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
B: Outer-membrane lipoprotein LolB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9663
ポリマ－45,8702
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17200 Å2
2
C: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
D: Outer-membrane lipoprotein LolB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9663
ポリマ－45,8702
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)137.510, 137.510, 145.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Outer-membrane lipoprotein carrier protein


分子量: 22694.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LolA is chain A and C LolB is chain B and D A and B form a complex C and D form a complex
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100 (バクテリア)
株: B100 / 遺伝子: lolA, xcc-b100_2273 / プラスミド: pNIC-CTHO / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): T1 / 参照: UniProt: B0RT42
#2: タンパク質 Outer-membrane lipoprotein LolB


分子量: 23175.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LolA is chain A and C LolB is chain B and D A and B form a complex C and D form a complex
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100 (バクテリア)
株: B100 / 遺伝子: lolB, xcc-b100_3479 / プラスミド: pNIC-CTHO / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): T1 / 参照: UniProt: B0RUA2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Hepes pH 7.5, 2.5 M (NH4)2SO4 and 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月19日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez (KB) mirror pair (VFM, HFM)
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator, horizontally deflecting
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.4 Å / Num. obs: 51938 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 66.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6459 / CC1/2: 0.492 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2-4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→48.4 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 34.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 1995 3.84 %
Rwork0.2209 --
obs0.2225 51928 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5666 0 10 27 5703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0157884
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.212798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.5491400.54253534X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.320.45511420.46893570X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.380.43641460.38263588X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.460.34941430.31733570X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.550.31121410.30213554X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.650.32341400.28883585X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.770.34271370.31263551X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.920.31631440.28453591X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.10.30821410.26443547X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.340.30081430.23773571X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.680.23251450.22873573X-RAY DIFFRACTION100
3.68-4.210.25291400.18273582X-RAY DIFFRACTION100
4.21-5.290.18411460.16153545X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 54.1479 Å / Origin y: 16.3223 Å / Origin z: -17.8433 Å
111213212223313233
T0.4421 Å20.018 Å20.0059 Å2-0.4751 Å2-0.0216 Å2--0.4898 Å2
L0.5818 °20.2095 °20.1559 °2-0.5898 °2-0.0462 °2--0.5976 °2
S0.0506 Å °0.0048 Å °-0.0213 Å °0.0143 Å °0.0571 Å °0.0088 Å °-0.046 Å °0.0462 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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