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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ork | ||||||
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タイトル | cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase from the hyperthermophilic archaeon Methanothermus fervidus | ||||||
要素 | Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE / Synthetase / extremolyte / thermophilic | ||||||
機能・相同性 | cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthase / cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase activity / Cyclic 2, 3-diphospoglycerate synthetase / ligase activity / gluconeogenesis / ATP binding / cytoplasm / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanothermus fervidus DSM 2088 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | De Rose, S.A. / Isupov, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2023 タイトル: Structural characterization of a novel cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase involved in extremolyte production in the archaeon Methanothermus fervidus . 著者: De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Worthy, H.L. / Stracke, C. / Harmer, N.J. / Siebers, B. / Littlechild, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ork.cif.gz | 219.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ork.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8ork.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ork_validation.pdf.gz | 474.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ork_full_validation.pdf.gz | 482.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ork_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ork_validation.cif.gz | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/8ork ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/8ork | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8oruC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 51418.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermus fervidus DSM 2088 (古細菌) 遺伝子: cpgS, Mfer_0077 / プラスミド: pLATE51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O93732, cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthase |
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-非ポリマー , 6種, 323分子
#2: 化合物 | ChemComp-MPO / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.81 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus condition F7 consisting of 0.12 M Monosaccharides mix; 0.1M Buffer System 2 pH 7.5; 30% v/v Precipitant Mix 3 Buffer system 2: Sodium HEPES; MOPS (acid) pH7.5 Monosaccharides mix: 0. ...詳細: Morpheus condition F7 consisting of 0.12 M Monosaccharides mix; 0.1M Buffer System 2 pH 7.5; 30% v/v Precipitant Mix 3 Buffer system 2: Sodium HEPES; MOPS (acid) pH7.5 Monosaccharides mix: 0.2M D-Glucose; 0.2M D-Mannose; 0.2M D-Galactose; 0.2M L-Fucose; 0.2M D-Xylose; 0.2M N-Acetyl-D-Glucosamine Precipitants mix 3: 40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000 Temp details: Memmert crystals incubator |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→42.71 Å / Num. obs: 75512 / % possible obs: 95.98 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/av σ(I): 8 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 5 % / Num. unique obs: 3134 / CC1/2: 0.28 / % possible all: 60.03 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.64→42.71 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→42.71 Å
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