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万見
- PDB-8orh: Knockout of GMC-oxidoreductase genes reveals that functional redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8orh
タイトルKnockout of GMC-oxidoreductase genes reveals that functional redundancy preserves mimivirus essential functions
要素Putative GMC-type oxidoreductase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / GMC-oxidoreductase / genomic fiber / mimivirus
機能・相同性
機能・相同性情報


choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / GMC-type oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mimivirus reunion (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Alempic, J.M. / Bisio, H. / Villalta, A. / Santini, S. / Lartigue, A. / Schmitt, A. / Bugnot, C. / Notaro, A. / Belmudes, L. / Adrait, A. ...Alempic, J.M. / Bisio, H. / Villalta, A. / Santini, S. / Lartigue, A. / Schmitt, A. / Bugnot, C. / Notaro, A. / Belmudes, L. / Adrait, A. / Poirot, O. / Ptchelkine, D. / De Castro, C. / Coute, Y. / Abergel, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)832601European Union
引用ジャーナル: Microlife / 年: 2024
タイトル: Functional redundancy revealed by the deletion of the mimivirus GMC-oxidoreductase genes.
著者: Jean-Marie Alempic / Hugo Bisio / Alejandro Villalta / Sébastien Santini / Audrey Lartigue / Alain Schmitt / Claire Bugnot / Anna Notaro / Lucid Belmudes / Annie Adrait / Olivier Poirot / ...著者: Jean-Marie Alempic / Hugo Bisio / Alejandro Villalta / Sébastien Santini / Audrey Lartigue / Alain Schmitt / Claire Bugnot / Anna Notaro / Lucid Belmudes / Annie Adrait / Olivier Poirot / Denis Ptchelkine / Cristina De Castro / Yohann Couté / Chantal Abergel /
要旨: The mimivirus 1.2 Mb genome was shown to be organized into a nucleocapsid-like genomic fiber encased in the nucleoid compartment inside the icosahedral capsid. The genomic fiber protein shell is ...The mimivirus 1.2 Mb genome was shown to be organized into a nucleocapsid-like genomic fiber encased in the nucleoid compartment inside the icosahedral capsid. The genomic fiber protein shell is composed of a mixture of two GMC-oxidoreductase paralogs, one of them being the main component of the glycosylated layer of fibrils at the surface of the virion. In this study, we determined the effect of the deletion of each of the corresponding genes on the genomic fiber and the layer of surface fibrils. First, we deleted the GMC-oxidoreductase, the most abundant in the genomic fiber, and determined its structure and composition in the mutant. As expected, it was composed of the second GMC-oxidoreductase and contained 5- and 6-start helices similar to the wild-type fiber. This result led us to propose a model explaining their coexistence. Then we deleted the GMC-oxidoreductase, the most abundant in the layer of fibrils, to analyze its protein composition in the mutant. Second, we showed that the fitness of single mutants and the double mutant were not decreased compared with the wild-type viruses under laboratory conditions. Third, we determined that deleting the GMC-oxidoreductase genes did not impact the glycosylation or the glycan composition of the layer of surface fibrils, despite modifying their protein composition. Because the glycosylation machinery and glycan composition of members of different clades are different, we expanded the analysis of the protein composition of the layer of fibrils to members of the B and C clades and showed that it was different among the three clades and even among isolates within the same clade. Taken together, the results obtained on two distinct central processes (genome packaging and virion coating) illustrate an unexpected functional redundancy in members of the family , suggesting this may be the major evolutionary force behind their giant genomes.
履歴
登録2023年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative GMC-type oxidoreductase
B: Putative GMC-type oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,6074
ポリマ－154,0362
非ポリマー1,5712
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Putative GMC-type oxidoreductase


分子量: 77018.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: soruce organism: mimivirus reunion mutant where the qu_946 gene has been replaced by a selection cassette.
由来: (天然) Mimivirus reunion (ウイルス) / Variant: KO_qu946 / 株: HB1931 / 参照: UniProt: A0A8A5IZP6
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mimivirus reunion / タイプ: VIRUS
詳細: in the source organism, qu_946 gene has been removed and replaced by a selection cassette.
Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mimivirus reunion (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Acanthamoeba castellanii str. Neff / 株: KO_qu946
ウイルス殻名称: genomic fiber / 直径: 320 nm
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分濃度: 40 mmol/l / 名称: Tris-HCl / 式: Tris-HCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: genomic fiber purified on ClCs gradient
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.3 sec. / 電子線照射量: 35.597 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2224
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.1粒子像選択
2EPU2.11.1画像取得
4CTFFIND4.1.5CTF補正
7PHENIX1.20.1モデルフィッティング
11RELION3.1分類
12RELION4３次元再構成polishing+refine with solvent flattening
13PHENIX1.20.1モデル精密化after manual refinement in coot
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 49.426 ° / 軸方向距離/サブユニット: 20.497 Å / らせん対称軸の対称性: C3
粒子像の選択選択した粒子像数: 172431
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 20899 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 40.56 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4Z24

4z24


Accession code: 4Z24 / Chain residue range: 4-652 / Pdb chain residue range: 4-652 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310380
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50114178
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.2281428
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461572
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051844

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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