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- PDB-8orc: Mus Musculus Acetylcholinesterase in complex with AL237 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8orc
タイトルMus Musculus Acetylcholinesterase in complex with AL237
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / neurotransmission / cholinesterase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / synapse assembly / collagen binding / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / : / retina development in camera-type eye / nuclear envelope / presynaptic membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / 2-METHOXYETHANOL / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / : / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ekstrom, F.E. / Linusson, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enzyme Dynamics Determine Potency and Selectivity of Inhibitors Targeting Disease-Transmitting Mosquitoes
著者: Kumari, R. / Lindgren, C. / Kumar, R. / Forsgren, N. / Andersson, D. / Ekstrom, F. / Linusson, A.
履歴
登録2023年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,61016
ポリマ－119,5292
非ポリマー2,08114
水9,674537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area37490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.606, 112.113, 226.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 59764.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ache / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase

-
非ポリマー , 6種, 551分子

#2: 化合物 ChemComp-VY8 / 1-[2-(dimethylamino)ethyl]-3-(2-methoxyphenyl)thiourea


分子量: 253.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MXE / 2-METHOXYETHANOL / 2-メトキシエタノ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#6: 化合物 ChemComp-7PG / 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / オクタエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 384.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O9
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 30% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 750 MONOMETHYLETHER, 100 MM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.23 Å / Num. obs: 118925 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 34.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08429 / Rpim(I) all: 0.03368 / Rrim(I) all: 0.09086 / Net I/σ(I): 18.58
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.8978 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / Num. unique obs: 11746 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.3954 / Rrim(I) all: 0.9823 / % possible all: 99.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→49.23 Å / SU ML: 0.2022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.7754
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 2379 2 %
Rwork0.1856 116374 -
obs0.186 118753 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8324 0 139 537 9000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00488761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.722211936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.03571267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.29571410.2926773X-RAY DIFFRACTION99.65
2.14-2.190.29121480.25746739X-RAY DIFFRACTION99.83
2.19-2.240.25061420.2386752X-RAY DIFFRACTION99.68
2.24-2.30.25211420.21716765X-RAY DIFFRACTION99.57
2.3-2.360.24851490.21376740X-RAY DIFFRACTION99.62
2.36-2.430.22041310.21046814X-RAY DIFFRACTION99.84
2.43-2.510.22061110.19966812X-RAY DIFFRACTION99.87
2.51-2.60.20831540.19766765X-RAY DIFFRACTION99.83
2.6-2.70.24191510.19856803X-RAY DIFFRACTION99.9
2.7-2.820.22571340.20236812X-RAY DIFFRACTION99.78
2.82-2.970.23511410.20846828X-RAY DIFFRACTION99.97
2.97-3.160.18721460.1986849X-RAY DIFFRACTION99.91
3.16-3.40.22031270.19296858X-RAY DIFFRACTION99.99
3.4-3.740.20081440.17176905X-RAY DIFFRACTION99.99
3.74-4.280.15041380.1476931X-RAY DIFFRACTION99.96
4.28-5.40.1531370.14176995X-RAY DIFFRACTION99.99
5.4-49.230.2321430.19067233X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.33614190738-1.087325048630.331336332862.28549539284-1.211069655464.1891631347-0.177866096452-0.6896706037760.03155887590260.4415048203580.1788112188050.0132675593306-0.0813460290643-0.0680540436782-0.004658954224190.3867862689330.000369348165088-0.0302073007110.304385391341-0.003089556675390.25775915697429.819807577213.149139146541.5895670176
22.64961952255-0.1136393300330.2225780394410.7631438790531.117972814832.61908191776-0.217021548072-0.1329285428860.1948552582240.128558235261-0.0265561346611-0.182176799927-0.09613294071080.2873337292930.2677085319740.317895400292-0.042088290675-0.02517363803840.3293888882630.03719666711030.30885892753536.022344893419.665084943726.8071834486
34.28278066852-0.55820390278-0.3212454154761.149051864590.9174838733553.39943929782-0.199422343437-0.390733053605-0.02279174950290.1572235291090.01846533268790.04290509944530.2028506768350.04735766668660.1850684752960.3534108951430.0178633384482-0.02176747675220.3172802074770.04310459329220.25166728649127.743720537113.105083725132.56922431
46.74914872657-0.438237882993-4.631665606591.610959904570.452555424675.46129007051-0.166450828158-0.14141819874-0.0160873436520.08304365809990.0562277124751-0.1277224696310.1638048349960.06541153917170.1031834014790.330413577326-0.00250785346994-0.04526829434820.2960164416650.04317454543150.25994197976732.599703908112.793818997723.2236591842
50.959953709825-0.1147434084130.245890667660.67837678255-0.3287552033981.84931241662-0.04541444791690.0631079869283-0.0528848445831-0.05877535234830.008738960897080.02319333574540.205485788875-0.05940300041230.03328965774410.349989866361-0.01260909056230.01136590857590.28772532240.005166703976430.30941330842227.475989727912.478267978811.1076073534
62.61461219277-1.081766991982.463523250189.23246224055-2.514599469942.576339700680.0563637751668-0.227559773393-0.3770663772940.4519660122140.1094657871160.7021684904690.473127652768-1.12280528416-0.06227648198740.460256721751-0.2514451447910.0185297765270.6021925077820.05027508032770.444388892637.2580329251.3370216228914.0339240572
74.53872943646-1.75249567871-4.214765619313.104004792722.230317370794.07219710437-0.0620709299882-0.219799357095-0.156266404496-0.1908578833380.1176703910980.02339250951530.5058514886230.124122755884-0.07183289032620.393066705322-0.0346305004542-0.1023730229610.5447303402750.004208626607170.28704713585317.51068404426.45765159351-0.747728470032
80.964862177598-0.3264523292960.1647370045881.808197203780.2214693978533.658945385610.1340955853180.190990937659-0.104861194813-0.20964671903-0.1998195539570.2825371380410.235997815086-0.3151705711590.04429369810620.404371889119-0.00438971862974-0.06746577767760.480158513786-0.1230680067980.3884325643080.233688396791.83922612971-55.7143862352
95.24771710659-1.071447955521.458481287182.300382809460.0829111193832.083120576810.07074768056160.212412294646-0.161296265443-0.0848795863445-0.08049172075910.032591153060.136723190991-0.01963737398020.009927222725510.3761901047640.00399315163073-0.03206461041380.347467966298-0.08822103773850.2683444316617.533307533422.60157237363-48.5374932393
101.37347536255-0.408176733259-0.01656440135861.727889200550.4428405631372.467290047470.1507542199860.119019565897-0.06531158233120.0292484673755-0.0475510343239-0.1382115373620.205774545190.349254136505-0.1058504773630.3255002599770.0106196073456-0.0275950085670.368064320518-0.07109579723510.28635796028115.85956396514.73975366646-44.1761696131
111.57653954717-0.373177366310.7620293043561.78748373362-0.1242145338752.616213900080.149428625625-0.191077248276-0.1506015270640.258586218549-0.1226393324910.164585125370.448755048081-0.246815758647-0.03457016978840.454916147724-0.08867543203680.03808493036060.370070785431-0.08097979332670.3162847156784.552326857812.53933919515-26.4443241897
122.277492206951.201138814062.306694107839.43348781337-2.797210339639.65077260112-0.0424510861906-0.5060500163110.5238931874860.0901617624830.158827665340.908089287472-0.690714885488-0.704504232783-0.1139974842550.3710323034930.0468038471710.05653322861890.399819558296-0.1201572621150.404019276506-1.4382544377122.2041628291-28.3469783976
136.61230298151-0.0805274982075.289033504361.53373968705-0.5362018815984.407437574190.2414560532370.328305739553-0.03710408661010.150437056784-0.219238835079-0.04717927797550.1584071866370.4931856121750.01015529939380.51046192886-0.09040311047940.04552395224770.450834839117-0.0514978347470.27732219512813.087071354611.354967624-21.2447787111
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 45 )AA1 - 451 - 45
22chain 'A' and (resid 46 through 86 )AA46 - 8646 - 86
33chain 'A' and (resid 87 through 118 )AA87 - 11887 - 118
44chain 'A' and (resid 119 through 170 )AA119 - 170119 - 170
55chain 'A' and (resid 171 through 486 )AA171 - 486171 - 480
66chain 'A' and (resid 487 through 513 )AA487 - 513481 - 507
77chain 'A' and (resid 514 through 542 )AA514 - 542508 - 536
88chain 'B' and (resid 4 through 118 )BC4 - 1181 - 115
99chain 'B' and (resid 119 through 170 )BC119 - 170116 - 167
1010chain 'B' and (resid 171 through 341 )BC171 - 341168 - 332
1111chain 'B' and (resid 342 through 486 )BC342 - 486333 - 477
1212chain 'B' and (resid 487 through 513 )BC487 - 513478 - 504
1313chain 'B' and (resid 514 through 543 )BC514 - 543505 - 534

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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