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- PDB-8or7: Structure of a far-red induced allophycocyanin from Chroococcidio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8or7
タイトルStructure of a far-red induced allophycocyanin from Chroococcidiopsis thermalis sp. PCC 7203
要素
  • Allophycocyanin beta subunit apoprotein
  • Phycocyanin
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Phycobiliprotein / Allophycocyanin / Far-red light photoacclimation
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / : / Allophycocyanin beta subunit apoprotein / Phycocyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Chroococcidiopsis thermalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhou, L.J. / Hoeppner, A. / Wang, Y.Q. / Zhao, K.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31861143029 中国
引用ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2024
タイトル: Crystallographic and biochemical analyses of a far-red allophycocyanin to address the mechanism of the super-red-shift.
著者: Zhou, L.J. / Hoppner, A. / Wang, Y.Q. / Hou, J.Y. / Scheer, H. / Zhao, K.H.
履歴
登録2023年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Allophycocyanin beta subunit apoprotein
D: Allophycocyanin beta subunit apoprotein
A: Phycocyanin
C: Phycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,25515
ポリマ－73,4554
非ポリマー2,79911
水362
1
B: Allophycocyanin beta subunit apoprotein
C: Phycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2719
ポリマ－36,7282
非ポリマー1,5447
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area15440 Å2
2
A: Phycocyanin
ヘテロ分子

D: Allophycocyanin beta subunit apoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9836
ポリマ－36,7282
非ポリマー1,2564
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area15940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)130.540, 130.540, 106.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 BDAC

#1: タンパク質 Allophycocyanin beta subunit apoprotein


分子量: 18553.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis (バクテリア)
遺伝子: Chro_1033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TVG8
#2: タンパク質 Phycocyanin


分子量: 18174.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis (バクテリア)
遺伝子: Chro_1032 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TX42

-
非ポリマー , 4種, 13分子

#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 1.0 M lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→77.52 Å / Num. obs: 32743 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.57→2.71 Å / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 1.217 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4760 / CC1/2: 0.843 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
xia2データ削減
pointlessデータスケーリング
ARP/wARPARP/wARP 8.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→77.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 12.216 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.612 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24016 1240 4.9 %RANDOM
Rwork0.17775 ---
obs0.18093 24255 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.08 Å2-0 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→77.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4986 0 191 2 5179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0165012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.6487132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5061.56511486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7765636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.249568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.57710902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.637.2022556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.6267.2022556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.212.9453188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.19912.9453189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.0987.8922700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.9217.882689
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.35814.1563927
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.04588.7321692
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.04588.7221691
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 90 -
Rwork0.259 1801 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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