PDB-8oqe: Dirhodium tetraacetate/ribonuclease A adduct in the P3221 space g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oqe

タイトル

Dirhodium tetraacetate/ribonuclease A adduct in the P3221 space group (6 h soaking)

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Metal/protein adduct / dirhodium tetraacettate / catalysis / porous material

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A. / Maity, B. / Ueno, T.

資金援助

イタリア,

日本, 4件

組織	認可番号	国
Compagnia di San Paolo Foundation		イタリア
University of Naples Federico II		イタリア
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22H00347	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18H05421	日本

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Cross-Linked Crystals of Dirhodium Tetraacetate/RNase A Adduct Can Be Used as Heterogeneous Catalysts.
著者: Loreto, D. / Maity, B. / Morita, T. / Nakamura, H. / Merlino, A. / Ueno, T.

履歴

登録	2023年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oqe.cif.gz	44.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oqe.ent.gz	31.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oqe_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oqe_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8oqe_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	8oqe_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oqcC 8oqdC 8oqfC 8oqgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.795, 66.795, 64.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-437- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease

-
非ポリマー , 5種, 183分子

#2: 化合物	ChemComp-VVU / dirhodium (II) tetraacetate / Rhodium(II) acetate 分子量: 446.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₆O₈Rh₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-D1O / tri-(mi2-acetato-(O, O')-diaqua-dirhodium(II, II) 分子量: 419.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₈Rh₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 2.5 M NaCl 3.3 M HCOONa 0.1 M Acetate buffer / PH範囲: 4.7-5.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月1日
放射	モノクロメーター: Cu filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→21.86 Å / Num. obs: 27269 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 2.022 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1349 / CC_1/2: 0.223 / R_pim(I) all: 0.975 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→21.601 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 1.555 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	1367	5.019 %
R_work	0.1785	25872	-
all	0.18	-	-
obs	-	27239	99.941 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	-0.002 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→21.601 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	951	0	39	178	1168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.359	1.708	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.582	1.588	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.778	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.164	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.826	10	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.429	10	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.301	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.365	1.928	540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.367	1.93	541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.539	3.447	689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.537	3.445	690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.738	2.211	556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.733	2.226	516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.153	3.981	807
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.155	3.981	808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.303	26.226	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.658	22.632	1244

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.539-1.581	0.314	106	0.283	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.626	0.281	105	0.262	1758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.731	0.247	87	0.229	1683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.731-1.791	0.247	83	0.208	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.791-1.858	0.227	88	0.193	1568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.858-1.933	0.196	71	0.179	1532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.933-2.019	0.215	91	0.16	1443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.116	0.171	51	0.155	1419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.116-2.23	0.193	67	0.157	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.363	0.193	69	0.155	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.363-2.524	0.242	60	0.161	1195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.524-2.723	0.192	63	0.164	1105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.723-2.979	0.255	51	0.174	1041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.979-3.322	0.198	58	0.166	939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.322-3.821	0.16	36	0.136	837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.821-4.644	0.201	45	0.126	722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.644-6.421	0.174	44	0.169	558	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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