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万見
- PDB-8oq2: Binding of NADP to a formate dehydrogenase from Starkeya novella. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oq2
タイトルBinding of NADP to a formate dehydrogenase from Starkeya novella.
要素Formate dehydrogenase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Mutant / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Starkeya novella (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Partipilo, M. / Whittaker, J.J. / Pontillo, N. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.003.019 オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding of NADP to a formate dehydrogenase from Starkeya novella.
著者: Partipilo, M. / Whittaker, J.J. / Pontillo, N. / Coenradij, J. / Herrmann, A. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2023年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate dehydrogenase
B: Formate dehydrogenase
C: Formate dehydrogenase
D: Formate dehydrogenase
E: Formate dehydrogenase
F: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,17926
ポリマ－252,1306
非ポリマー5,04920
水2,504139
1
A: Formate dehydrogenase
B: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,82411
ポリマ－84,0432
非ポリマー1,7819
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11220 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25590 Å2
手法PISA
2
C: Formate dehydrogenase
F: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,82411
ポリマ－84,0432
非ポリマー1,7819
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11280 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25920 Å2
手法PISA
3
D: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子

E: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5304
ポリマ－84,0432
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_664y+1,-x+y+1,z-1/61
Buried area10240 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area25580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.265, 132.265, 302.952
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase


分子量: 42021.715 Da / 分子数: 6 / 変異: A198G, D221Q, H379K, S380V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Starkeya novella (バクテリア) / 遺伝子: Snov_3272 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D7A8L2, formate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: Citric acid pH 4.5, PEG 3350, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→114.6 Å / Num. obs: 163262 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / CC1/2: 0.91 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.91→7.2 Å / Num. unique obs: 3586 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 25.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→114.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 --0.2961
Rwork0.2374 ---
obs-92372 99.44 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→114.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18072 0 0 139 18211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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