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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oq2 | ||||||
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タイトル | Binding of NADP to a formate dehydrogenase from Starkeya novella. | ||||||
要素 | Formate dehydrogenaseギ酸デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Mutant (ミュータント (人類)) / dehydrogenase (脱水素酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formate catabolic process / ギ酸デヒドロゲナーゼ / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Starkeya novella (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Partipilo, M. / Whittaker, J.J. / Pontillo, N. / Guskov, A. / Slotboom, D.J. | ||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Binding of NADP to a formate dehydrogenase from Starkeya novella. 著者: Partipilo, M. / Whittaker, J.J. / Pontillo, N. / Coenradij, J. / Herrmann, A. / Guskov, A. / Slotboom, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oq2.cif.gz | 441.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oq2.ent.gz | 360.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8oq2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oq2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42021.715 Da / 分子数: 6 / 変異: A198G, D221Q, H379K, S380V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Starkeya novella (バクテリア) / 遺伝子: Snov_3272 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D7A8L2, ギ酸デヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | ChemComp-AZI / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.34 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: Citric acid pH 4.5, PEG 3350, magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.965 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→114.6 Å / Num. obs: 163262 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / CC1/2: 0.91 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→7.2 Å / Num. unique obs: 3586 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 25.54 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→114.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→114.6 Å
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