[日本語] English
万見
- PDB-8oov: human NME-1 in complex with CoA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oov
タイトルhuman NME-1 in complex with CoA
要素Nucleoside diphosphate kinase A
キーワードTRANSFERASE / nucleoside diphosphate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nuclease activity / Ribavirin ADME / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / Azathioprine ADME / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ribosomal small subunit binding ...DNA nuclease activity / Ribavirin ADME / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / Azathioprine ADME / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of DNA binding / lactation / 3'-5' exonuclease activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / ruffle membrane / endocytosis / nervous system development / regulation of apoptotic process / cell differentiation / early endosome / negative regulation of cell population proliferation / phosphorylation / GTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Nucleoside diphosphate kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gouge, J. / Hristov, H.D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust216404/A/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L010410/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S009027/1 英国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: A Unique Mode of Coenzyme A Binding to the Nucleotide Binding Pocket of Human Metastasis Suppressor NME1.
著者: Tossounian, M.A. / Hristov, S.D. / Semelak, J.A. / Yu, B.Y.K. / Baczynska, M. / Zhao, Y. / Estrin, D.A. / Trujillo, M. / Filonenko, V. / Gouge, J. / Gout, I.
履歴
登録2023年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase A
B: Nucleoside diphosphate kinase A
C: Nucleoside diphosphate kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6667
ポリマ－58,0263
非ポリマー1,6404
水9,224512
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.070, 113.012, 118.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-449-

HOH

21B-473-

HOH

31B-474-

HOH

41C-471-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase A / NDK A / NDP kinase A / Granzyme A-activated DNase / GAAD / Metastasis inhibition factor nm23 / NM23- ...NDK A / NDP kinase A / Granzyme A-activated DNase / GAAD / Metastasis inhibition factor nm23 / NM23-H1 / Tumor metastatic process-associated protein


分子量: 19342.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NME1, NDPKA, NM23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15531, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-PAP / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′-りん酸5′-二りん酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28% MPD, 100mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.65 Å / Num. obs: 58147 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 1.081 / Num. unique obs: 3052 / CC1/2: 0.505

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (21-NOV-2022)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→23.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.102 / SU Rfree Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 2949 5.08 %RANDOM
Rwork0.1681 ---
obs0.1695 58098 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1547 Å20 Å20 Å2
2--1.8975 Å20 Å2
3----4.0522 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3694 0 101 523 4318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094037HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.975497HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1457SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes706HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4037HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion496SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4180SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.71 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3226 -4.99 %
Rwork0.2809 1104 -
all0.2828 1162 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6884-0.07390.13260-0.31432.6712-0.0169-0.3380.06580.16280.025-0.0374-0.11570.0365-0.00810.17230.09670.0633-0.01420.11160.0618-3.815123.262121.1959
20.27290.164-0.04150-0.22590.2267-0.00610.01520.02280.020.00070.021-0.02350.01720.0053-0.0160.0035-0.0016-0.0082-0.01160.012721.182525.343111.4916
30.31690.22740.16350.35550.18010.2084-0.0217-0.04810.02610.0337-0.00640.01970.0121-0.02050.0281-0.01670.00690.005-0.0104-0.00940.005315.485321.347312.834
40.09420.23430.07431.12010.082900.0322-0.02170.0146-0.0209-0.0312-0.05250.030.0066-0.0010.00720.0147-0.0089-0.01210.0034-0.003833.9768-3.070910.0813
52.35360.1269-1.52771.0272-0.74922.10520.0445-0.1159-0.0817-0.0155-0.0182-0.04280.03270.0033-0.02630.01410.0241-0.0109-0.04130.0237-0.016234.2241-20.386220.8865
60.0696-0.0905-0.05320.706-0.36880.2224-0.0159-0.03680.00730.0397-0.0051-0.02110.02640.02030.0210.01280.0172-0.0208-0.02180.0015-0.012333.2332-3.449715.0757
70.3149-0.46390.45440.8556-0.24550.42730.01750.0409-0.00150.0441-0.02090.02540.063-0.04070.00340.0081-0.02020.003-0.01710.005-0.00474.6713-5.57774.9225
83.834-0.855-2.34562.08542.88456.76870.0704-0.1448-0.27320.1435-0.02720.40250.1569-0.2832-0.0432-0.1249-0.07650.10410.0380.00250.0227-13.6536-0.557112.0697
90.4992-0.2785-0.00460.27380.1570.35030.0119-0.0527-0.00860.0841-0.01340.0260.0625-0.08810.0014-0.0021-0.0250.0252-0.01180.0172-0.00521.7887-4.047410.2856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|-4 - B|-2 }B-4 - -2
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|-1 - B|81 }B-1 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|82 - B|152 }B82 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4{ C|2 - C|41 }C2 - 41
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|42 - C|66 }C42 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|67 - C|152 }C67 - 152
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|1 - A|41 }A1 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|42 - A|58 }A42 - 58
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|59 - A|152 }A59 - 152

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る