PDB-8ood: Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ood

タイトル

Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 15

要素

DDB1- and CUL4-associated factor 1

キーワード

TRANSFERASE / DCAF1 / Ligase / compound

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.497 Å

データ登録者

Schroeder, M. / Renatus, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Reinstating targeted protein degradation with DCAF1 PROTACs in CRBN PROTAC resistant settings
著者: Schroder, M. / Renatus, M. / Thoma, C.R.

履歴

登録	2023年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ood.cif.gz	249.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ood.ent.gz	195.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ood.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ood ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ood	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oo5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.496, 81.496, 232.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1502- ACT
2	1	A-1502- ACT
3	1	A-1609- HOH
4	1	A-1902- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein 分子量: 41764.824 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1250L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase

#1: タンパク質

DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein

分子量: 41764.824 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1250L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 326分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-VY3 / ~{N}-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[3-[4-[4-(2-azanylethylamino)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclopentyl]quinazolin-7-yl]piperazin-1-yl]-3-oxidanylidene-propoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethyl]ethanamide 分子量: 828.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₆₂ClN₇O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.13M LiSO4, 0.1M Tris pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.497→52.259 Å / Num. obs: 74179 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / % possible obs: 94 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 1.726 / Num. measured all: 26759 / Num. unique obs: 3405 / CC_1/2: 0.452 / R_pim(I) all: 0.652 / R_rim(I) all: 1.852 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.497→52.259 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.23 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	3672	4.955 %
R_work	0.17	70438	-
all	0.171	-	-
obs	-	74110	99.557 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.866 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.224 Å²	0.112 Å²	0 Å²
2-	-	0.224 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.728 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.497→52.259 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2384	0	104	316	2804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.013	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.5	1.7	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.615	1.578	5685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.982	5	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.765	22.042	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.465	15	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.377	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.365	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.15	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.068	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.487	1.298	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.464	1.296	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.407	1.936	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.409	1.937	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.563	1.744	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.44	1.627	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.787	2.476	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.605	2.307	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.884	18.178	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.712	16.746	2928

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.497-1.536	0.381	267	0.368	4964	X-RAY DIFFRACTION	96.6556
1.536-1.578	0.329	253	0.325	5001	X-RAY DIFFRACTION	99.9619
1.578-1.624	0.28	240	0.283	4892	X-RAY DIFFRACTION	99.9221
1.624-1.674	0.236	231	0.238	4721	X-RAY DIFFRACTION	99.8387
1.674-1.729	0.239	244	0.2	4589	X-RAY DIFFRACTION	99.8967
1.729-1.79	0.197	238	0.167	4448	X-RAY DIFFRACTION	99.8934
1.79-1.857	0.184	231	0.159	4323	X-RAY DIFFRACTION	99.9342
1.857-1.933	0.172	215	0.156	4135	X-RAY DIFFRACTION	99.9081
1.933-2.019	0.185	230	0.16	3950	X-RAY DIFFRACTION	99.8328
2.019-2.118	0.176	197	0.158	3792	X-RAY DIFFRACTION	99.4019
2.118-2.232	0.201	194	0.159	3641	X-RAY DIFFRACTION	99.8698
2.232-2.368	0.158	173	0.15	3484	X-RAY DIFFRACTION	99.918
2.368-2.531	0.167	188	0.143	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.8832
2.531-2.734	0.171	163	0.15	3057	X-RAY DIFFRACTION	99.845
2.734-2.995	0.165	130	0.147	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.6649
2.995-3.348	0.146	120	0.15	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.5924
3.348-3.866	0.133	126	0.143	2301	X-RAY DIFFRACTION	99.9177
3.866-4.734	0.157	103	0.138	1973	X-RAY DIFFRACTION	99.6639
4.734-6.694	0.22	84	0.197	1566	X-RAY DIFFRACTION	99.2183
6.694-52.259	0.278	45	0.245	954	X-RAY DIFFRACTION	98.8131

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.9699 Å / Origin y: -31.6907 Å / Origin z: 11.4333 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0342 Å²	-0.0087 Å²	0.0024 Å²	-	0.0035 Å²	-0.0033 Å²	-	-	0.0105 Å²
L	1.4341 °²	-0.5092 °²	0.1194 °²	-	0.8527 °²	0.153 °²	-	-	0.645 °²
S	0.0064 Å °	0.0382 Å °	-0.112 Å °	-0.0287 Å °	-0.0013 Å °	0.0666 Å °	0.0484 Å °	-0.0152 Å °	-0.0051 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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